Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,344,471 | C→T | 9.7% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,471 | 0 | C | T | 9.7% | 106.2 / 2.8 | 42 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base T (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.37e-01 |
AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTT > NC_002947/5344324‑5344607 | aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCCAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGAGCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAG‑CCCG‑‑CCTACCAGGcc > 4:159451/1‑148 (MQ=255) gggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CATACCAGGCAAc > 6:122954/1‑149 (MQ=255) tACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTa < 2:229629/148‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGcc < 3:233651/149‑1 (MQ=25) gcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAg < 4:120843/149‑1 (MQ=255) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCGAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAg > 1:187593/1‑147 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 8:20122/149‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCCTTAACTCGTAGGCGCgg > 3:46100/1‑149 (MQ=255) cGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 8:242453/149‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg > 3:17436/1‑146 (MQ=255) gTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 4:17436/146‑1 (MQ=255) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 4:146737/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAccc < 3:239735/149‑1 (MQ=21) 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(MQ=255) aaGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCACATAGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCGAACCCGCAACGCGTTACCGCCTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGccc > 8:227326/1‑149 (MQ=255) aCGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAA‑CCCC‑‑CCGAACAAGCACAGCCGTTCCAAGTAGGAGCGGGGTTAACCGCGCAGAGGCCGGCCCAgg > 8:28273/1‑149 (MQ=255) ggTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGtt > 3:29830/1‑149 (MQ=255) aCCCAAGGCCTTATCAACTATTTCCGCGGCCGTCACGGGGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGGGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCTGGCAACGCTTTACCTCGTTGGAGCGGTTTTACCCGCTATTTGGCCGGCCCAGGTTGAacac < 2:187593/149‑1 (MQ=255) aaGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGa < 1:17818/106‑1 (MQ=255) aaGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGa > 2:17818/1‑106 (MQ=255) ccTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCGACCCGGCCACGCGGTTCCTCGTAGGAGCGGGGTTTCCCGCGCAGCGGCCGGCCCAGGTTGGACACCGCGcc > 7:112458/1‑147 (MQ=37) cTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAg > 6:121508/1‑149 (MQ=255) cAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg > 1:13388/1‑120 (MQ=255) cAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 2:13388/120‑1 (MQ=255) cgcgGCCGCCACCGCGTTTTATCCGAGGTTGTGCCGGCCTCTTCG‑GGTTAAACCCCG‑‑CCTACCCGGAAAGCTGTTACCTCTTTGTTGGGGTTTAACCGGCTAAGTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:89770/149‑1 (MQ=255) cgcgCCCGTCACCGGGGTTGATCCGTGTTTGTGCGGGCCTCTTCGGGGTTAAA‑CCCG‑‑CATACCCGGAAAGGGTTTACCTCTTTGGAGGGGTTTTACCCGCTAATTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 4:29830/149‑1 (MQ=255) cgcgGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCAACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 4:215773/1‑149 (MQ=255) gCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCACGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCCCCTACACAGTCTTATCGAATAGCCGGTGCAGTACAAAGccc > 6:193820/1‑148 (MQ=37) cTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCTGGCAACGCGTTACCTCGTAGTAGCGGTTTTACCCGCTAATAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGCCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 5:121508/149‑1 (MQ=38) cGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga < 5:193820/149‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 8:180183/1‑148 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 5:122954/149‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGTTAAA‑CCCG‑‑CATACCAGGCAACGCTTTACCTCGTAGTAGCGGGTTTACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACTCCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg < 1:215129/149‑1 (MQ=255) gcgGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGcc > 4:144115/1‑129 (MQ=255) gggTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGAAGGACCAccc > 7:165420/1‑149 (MQ=21) tAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc < 7:180183/149‑1 (MQ=255) aaa‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCa > 6:5941/1‑149 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 7:152429/1‑149 (MQ=255) | AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTT > NC_002947/5344324‑5344607 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |