Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,372,333 | G→C | 7.0% | S279S (TCC→TCG) ‡ | carA ← | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,372,333 | 0 | G | C | 7.0% | 177.9 / 4.0 | 57 | S279S (TCC→TCG) ‡ | carA | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/26); new base C (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
CGAACGTTGCCCGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAGGAACACGCCGTCCGGGTT > NC_002947/5372193‑5372476 | cgAACGTTGCCCGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAg > 8:251869/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGAGCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCcagc < 8:122496/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCcagcag > 1:158639/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGTCCGGCGC‑Caaga < 4:198089/141‑4 (MQ=255) ccGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGTCCGGCGC‑Caaga > 3:198089/1‑138 (MQ=255) ccGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCagcagc > 2:115516/1‑149 (MQ=255) ggCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCtg > 2:5727/1‑149 (MQ=255) cAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCtggt > 1:157217/1‑149 (MQ=255) gTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGcc > 4:158984/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCcagcag < 8:172220/129‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCcagcag > 7:172220/1‑129 (MQ=255) aCGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGcc > 2:224497/1‑149 (MQ=255) ggCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCtggt < 1:182189/131‑1 (MQ=255) ggCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCtggt > 2:182189/1‑131 (MQ=255) ccGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCgg < 4:26887/149‑1 (MQ=255) cGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCggg < 3:158984/149‑1 (MQ=255) gTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGa < 8:16745/149‑1 (MQ=255) gTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGAtct > 5:227974/1‑149 (MQ=255) tCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCg > 5:72276/1‑149 (MQ=255) ctggctggTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCg < 2:157217/148‑1 (MQ=255) gctggTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCgg < 2:158639/146‑1 (MQ=255) gctggTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTCGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGttt < 3:204105/149‑1 (MQ=255) tGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAg > 7:136061/1‑148 (MQ=255) aTGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAgg > 4:89252/1‑90 (MQ=255) aTGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAgg < 3:89252/90‑1 (MQ=255) aTGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGATGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGAttt > 2:203517/1‑148 (MQ=255) aCCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCtt < 8:136061/149‑1 (MQ=255) acacCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGAt < 8:192371/149‑1 (MQ=255) acCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCg < 6:178484/100‑1 (MQ=255) acCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCg > 5:178484/1‑100 (MQ=255) aGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCt < 1:115516/149‑1 (MQ=255) gTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTg < 7:251869/149‑1 (MQ=255) tCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGa < 8:129589/115‑1 (MQ=255) tCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGa > 7:129589/1‑115 (MQ=255) tCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGAt > 7:106295/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGAt > 2:173857/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATc < 1:5727/148‑1 (MQ=255) tCCTGGACCGGGTGGATGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTa < 1:203517/149‑1 (MQ=255) cTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCt < 8:123215/137‑1 (MQ=255) cTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCt > 7:123215/1‑137 (MQ=255) ttGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAgg < 1:173857/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCAcc < 1:90804/149‑1 (MQ=255) cgggggggccggggccCATTTTCCGGGTCTTGGGCCCGTCCCCACTGGTTTAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCAcc < 1:224497/143‑1 (MQ=255) gtggccgtggccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCAc < 4:29778/143‑1 (MQ=255) gtggccgtggccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCAc > 3:29778/1‑143 (MQ=255) cgtggccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCCCAAGGGCCGTTg > 2:87560/1‑149 (MQ=255) gtggccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAg > 1:75988/1‑118 (MQ=255) gtggccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAg < 2:75988/118‑1 (MQ=255) gccCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGAAGCCGAATACCCGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGAAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGa > 5:170764/1‑147 (MQ=255) cccATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAg > 2:251220/1‑149 (MQ=255) ccATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAg > 2:143221/1‑148 (MQ=255) gccctGGCGTCCGGCGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAGGaa < 5:104607/136‑1 (MQ=255) gccctGGCGTCCGGCGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAGGaa > 6:104607/5‑140 (MQ=255) ggCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAGGAACACGCCGTCCgg < 6:72276/147‑1 (MQ=255) gcgcCGGAAGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGACGAGGCACATGCCGAAAACCGGGAACTCGGTTTCGAGCATTTCCTTGAAAGCCTGCATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGCGCCGTTGGACAGGAACACGCCGACCGGCtt > 1:141569/1‑149 (MQ=255) cGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAg < 6:179166/127‑1 (MQ=255) cGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAg > 5:179166/1‑127 (MQ=255) | CGAACGTTGCCCGGCAGGGTCGCCTCGTCAACGGCGAAACCGTGGTTCTGGCTGGTGATCATGACCACACCAGTATCCAGGTCCTGGACCGGGTGGTTGGCACCGTGGTGGCCGTGGCCCATTTTCACGGTCTTGGCGCCGGACGC‑CAGGGCCAGCAGCTGGTGGCCGAGGCAGATGCCGAATACCGGGATCTCGGTTTCGAGGATTTCCTTGATCGCCTGGATCGCGTAGTCGCACGGCTCAGGGTCACCAGGGCCGTTGGACAGGAACACGCCGTCCGGGTT > NC_002947/5372193‑5372476 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |