| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,705,405 | T→A | 6.5% | E133V (GAG→GTG) | PP_5008 ← | poly granule‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,705,405 | 0 | T | A | 6.5% | 173.6 / 3.1 | 62 | E133V (GAG→GTG) | PP_5008 | poly granule‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/29); new base A (2/2); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
TCCTGGTCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGTCGAGTT > NC_002947/5705257‑5705531 | tCCTGGTCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCt > 1:42611/1‑149 (MQ=255) ccTGGTCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCt > 7:243140/1‑148 (MQ=255) gTCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagc < 8:243140/149‑1 (MQ=255) tCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagca < 2:10321/149‑1 (MQ=255) gATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGTGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagcag < 4:244659/148‑1 (MQ=255) gATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGTGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagcag < 4:248628/148‑1 (MQ=255) aTCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagcag < 8:169548/147‑1 (MQ=255) aTCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCGTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAagcag > 7:169548/1‑147 (MQ=255) tAGATACCCCGCCCCGCCAGCCAGCTCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACt < 8:219936/149‑1 (MQ=255) tAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACt > 3:41755/1‑149 (MQ=255) aTACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGt > 3:57009/1‑148 (MQ=255) cccAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCaa < 4:57009/149‑1 (MQ=255) gccagATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACaa < 2:270880/149‑1 (MQ=255) gATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGcc > 1:10543/1‑149 (MQ=255) ttGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCaa < 4:113361/120‑1 (MQ=255) ttGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCaa > 3:113361/1‑120 (MQ=255) gggAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGt > 3:261272/1‑148 (MQ=255) gggAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGt > 3:257177/1‑148 (MQ=255) tttCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGtt > 3:30892/1‑147 (MQ=255) tttCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGtt > 3:222482/1‑147 (MQ=255) ctcGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGAc > 4:225584/1‑149 (MQ=255) ctcGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGAc > 7:62502/1‑149 (MQ=255) gATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACgg > 2:8045/1‑148 (MQ=255) cgACCCAGTAGCTGCATTCTTTTTCGGTTTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGATCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATAGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAg < 1:129208/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGc > 5:119118/1‑149 (MQ=255) aGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGAtt < 1:237092/149‑1 (MQ=255) ggAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGAtt > 1:136849/1‑148 (MQ=255) gAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCaa < 5:85982/87‑1 (MQ=255) gAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCaa > 6:85982/1‑87 (MQ=255) gCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGGCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTAAAg > 7:112962/1‑149 (MQ=255) gCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGgcg < 4:257177/149‑1 (MQ=255) ccTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCGATCCTGCTCTGCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAg < 8:84717/145‑1 (MQ=255) ccTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCTACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGgcgc > 2:49933/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGgcg < 4:261272/148‑1 (MQ=255) tcttTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGcgac > 7:108881/1‑149 (MQ=255) cttTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGcga < 4:41755/147‑1 (MQ=255) tttttCGGTGTTCATCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCATGATCGACAACGCCTCAACGTCATCTTTAGACGCAATACCCAGGCGATTCAAGGCGcga > 4:13110/1‑146 (MQ=255) ttCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCgaccgacc > 7:216965/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAgg < 8:181694/125‑1 (MQ=255) ggTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGt < 1:157696/149‑1 (MQ=255) gtgtTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTg > 2:136306/1‑149 (MQ=255) ttcttcTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGa < 1:125680/80‑1 (MQ=255) ttcttcTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGa > 2:125680/1‑80 (MQ=255) ttcttGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTc < 8:184377/90‑1 (MQ=255) ttcttGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTc > 7:184377/1‑90 (MQ=255) cttGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGcc > 1:170427/1‑86 (MQ=255) cttGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGcc < 2:170427/86‑1 (MQ=255) agccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGGATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCtttt > 7:115289/1‑149 (MQ=255) agccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCtttt > 6:258727/1‑149 (MQ=255) agccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATAATTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCtttt > 6:238075/1‑149 (MQ=255) gccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCttttt < 2:10543/149‑1 (MQ=255) gccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCttttt < 8:108881/149‑1 (MQ=255) ccaTCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTc < 1:49933/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGAt < 8:216965/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATc > 3:67291/1‑149 (MQ=255) ctctCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGt < 2:42611/149‑1 (MQ=255) cTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGcgac > 4:93988/1‑111 (MQ=255) cTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGcgac < 3:93988/111‑1 (MQ=255) cTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGTCGa < 1:136306/147‑1 (MQ=255) tgcttGAGCGCGTCGCGCACAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTTGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGTCGAGtt < 4:18910/142‑1 (MQ=255) tgcttGAGCGCGTCGCGCACAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTTGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGTCGAGtt > 3:18910/4‑145 (MQ=255) gTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCttt < 2:227418/127‑1 (MQ=255) gtcgcgCACAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGa < 3:175294/68‑1 (MQ=255) gtcgcgCACAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGa > 4:175294/3‑70 (MQ=255) | TCCTGGTCGATCTTCGAATAGATACCCAGCCCCGCCAGCCAGATCTTGCGGGAGTATTTCTCGATCCCGCCGACCCAGGAGCTGCCTTCTTTTTCGGTGTTCTTCTTGCCAGCCATCCTGCTCTCCTTATGGTTTGTGCGCGACGCGCTCAAGCAGCTCATGCAACTGTTCAAGCTTGATCGACAACGCCTCAACGTCATGTTTAGACGGAATACCCAGGCGATTCAAGGCGCGACCGACCCGTGCGTCGAAAGCTTTTTCGATCTTGTCGAGTT > NC_002947/5705257‑5705531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |