Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,743,847 | A→C | 7.4% | L673R (CTC→CGC) | glgP ← | glycogen phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,743,847 | 0 | A | C | 7.4% | 152.6 / 2.7 | 51 | L673R (CTC→CGC) | glgP | glycogen phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/23); new base C (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCA > NC_002947/5743701‑5743988 | aaGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCGACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAgc < 7:253161/149‑1 (MQ=255) tGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACTTGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGCGCTCACCATTg < 3:99576/149‑1 (MQ=255) gcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAgg > 4:155431/1‑147 (MQ=255) gcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAgg < 3:155431/147‑1 (MQ=255) cAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATg > 3:219238/1‑149 (MQ=255) cAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATg > 2:69553/1‑149 (MQ=255) cAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATg > 2:66098/1‑149 (MQ=255) tCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCt < 7:141575/149‑1 (MQ=255) gcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCg < 1:174746/147‑1 (MQ=255) gcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAACATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCg > 2:174746/1‑147 (MQ=255) ttCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAAc > 2:36288/1‑149 (MQ=255) ctgcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTc < 6:198434/112‑1 (MQ=255) ctgcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTc > 5:198434/1‑112 (MQ=255) ctgcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTgg < 4:219238/149‑1 (MQ=255) gcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGa > 2:82072/1‑148 (MQ=255) gcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAACGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTc > 3:182503/1‑133 (MQ=255) gcGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAACGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTc < 4:182503/133‑1 (MQ=255) cGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCAtt > 6:176910/1‑96 (MQ=255) gCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCgg < 4:184076/149‑1 (MQ=255) cAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGaa < 1:69553/149‑1 (MQ=255) cAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGaa < 1:66098/149‑1 (MQ=255) aaaGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGaaa < 8:39228/149‑1 (MQ=255) aaGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAg > 6:173597/1‑149 (MQ=255) aaGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAg < 5:155823/149‑1 (MQ=255) aGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAgg > 7:190483/1‑149 (MQ=255) tGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTcc < 1:82072/149‑1 (MQ=255) aCATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCg > 6:134558/1‑137 (MQ=255) aCATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCg < 5:134558/137‑1 (MQ=255) aTGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTccgccgc > 5:37444/1‑149 (MQ=255) gttgtCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTccgccgccg > 7:39116/1‑149 (MQ=255) gtCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGc < 3:237375/102‑1 (MQ=255) gtCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGc > 4:237375/1‑102 (MQ=255) gCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGc > 7:71023/1‑149 (MQ=255) aTCTCCACTTTTGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTACTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGc < 4:142717/145‑1 (MQ=255) aTCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTACTCGGAAAGGTCCGCAGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCtag > 3:142717/1‑146 (MQ=255) ttGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCgg > 5:37223/1‑130 (MQ=255) ttGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCgg < 6:37223/130‑1 (MQ=255) ttGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGtt < 8:71023/149‑1 (MQ=255) tCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGtt < 7:7064/134‑1 (MQ=255) tCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGtt > 8:7064/1‑134 (MQ=255) cctggTGCCAATGGTGATCTCACCCTTGAGGCCGAACTTCATGTTGCCGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGGCCGCCGCCGGGATGAGGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAac < 6:263181/145‑1 (MQ=255) cAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAaca > 4:261910/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAaca > 4:154897/1‑149 (MQ=255) aGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATc > 2:232771/1‑81 (MQ=255) aGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATc < 1:232771/81‑1 (MQ=255) atcAATGGTGCGCTCACCATTGAGGACGAACTACAAGTTGCTGGTACCGGAACCTTCGTAACCAGCCTTGGAAATCTGCTCGGAAAGCTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGCCCAGGCTGACGTTCTAGATGGGCAGGAACTCCACCt > 3:91250/3‑149 (MQ=255) ccAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCtt > 7:39746/1‑149 (MQ=255) cAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGtt < 4:118939/130‑1 (MQ=255) cAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGtt > 3:118939/1‑130 (MQ=255) aaTGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTg < 4:255698/124‑1 (MQ=255) aaTGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTca < 8:190483/149‑1 (MQ=255) | AAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATGAACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCA > NC_002947/5743701‑5743988 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |