Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,765,710 | C→A | 8.3% | S122R (AGC→AGA) | PP_5059 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,765,710 | 0 | C | A | 8.3% | 149.9 / 2.2 | 48 | S122R (AGC→AGA) | PP_5059 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/24); new base A (2/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
GACGGTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTCGCGCATGTATCACGG > NC_002947/5765563‑5765854 | gACGGTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGcc < 5:212780/149‑1 (MQ=255) ggTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATCGGACATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGACg > 1:77260/1‑148 (MQ=255) ggTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATCAGACATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGACg > 1:80673/1‑148 (MQ=255) gTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCACCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCAt < 6:176687/149‑1 (MQ=255) tGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTCCGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGca > 5:207683/1‑149 (MQ=255) tGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCAGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGca > 3:147395/1‑149 (MQ=255) aTGCCCATGGGCCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCg > 2:238935/1‑149 (MQ=255) aTGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCg < 6:59566/149‑1 (MQ=255) tGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGt < 5:56181/149‑1 (MQ=255) gCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGt > 6:247563/1‑148 (MQ=255) cccATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGa < 5:136959/149‑1 (MQ=255) ccATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGaa < 8:116060/149‑1 (MQ=255) cATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAAc < 5:195112/149‑1 (MQ=255) gCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGACGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTg < 2:77260/149‑1 (MQ=255) gCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGACGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTg < 2:80673/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGtt < 6:184979/149‑1 (MQ=255) aggCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGAt < 4:147395/148‑1 (MQ=255) tGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGc < 5:247563/149‑1 (MQ=255) cACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAgcg < 1:212978/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATg < 4:157107/122‑1 (MQ=255) aCCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATg > 3:157107/1‑122 (MQ=255) aCCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAgcgg > 4:54438/1‑149 (MQ=255) cccGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAgcggc < 7:10088/149‑1 (MQ=255) ccGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATg < 5:252042/132‑1 (MQ=255) ccGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATg > 6:252042/1‑132 (MQ=255) gggCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGcc < 1:238935/149‑1 (MQ=255) gCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCa < 8:186038/134‑1 (MQ=255) gCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCa > 7:186038/1‑134 (MQ=255) gAAGAGCTGGTGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTg < 5:7759/148‑1 (MQ=255) aaGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTc < 3:54438/149‑1 (MQ=255) aaGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTc > 2:113957/1‑149 (MQ=255) agCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGACAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGa > 1:25226/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGc < 5:14575/118‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGc > 6:14575/1‑118 (MQ=255) gcagcaTTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCAc > 1:35285/1‑149 (MQ=255) aGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGcc > 6:96838/1‑149 (MQ=255) tGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAg < 6:238603/149‑1 (MQ=255) cgccgcCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAg < 2:25226/149‑1 (MQ=255) cgGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCCCGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCacac > 2:254973/1‑148 (MQ=255) caacaaCCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTcg > 5:67755/1‑149 (MQ=255) aacaacCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTcgc < 2:35285/149‑1 (MQ=255) acaacCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCAt > 7:112708/1‑77 (MQ=255) acaacCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCAt < 8:112708/77‑1 (MQ=255) caacCACATGGGTACCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTCATGGGCGAGCTGCACCGGAGCCATCTGTACTTTGTCCACAGCCCCACCACTGCCGCCACGGTTGCAGCGCCCGAGCCTCAAGCACACGATGTcgcc > 8:27904/1‑147 (MQ=255) aacCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTCGCGCa < 5:96838/149‑1 (MQ=255) ccACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTCGCGCATg > 2:146797/1‑149 (MQ=255) acaTGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAgg > 5:212836/1‑123 (MQ=255) acaTGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAgg < 6:212836/123‑1 (MQ=255) tAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTCGCGCATGTATCACgg > 6:71848/1‑148 (MQ=255) | GACGGTGATCCTGCACATGCCCATGGACCCGGCCACCGGGCCCTATGCCTGGCACCCGGGCATC‑GCCATCGAAGAGCTGGCGCGGCGCCTGGACGCAGCATTGGTCAAGGTGCCCTACGCCGCCGGCATCAACAACCACATGGGTAGCCGCATGACCGCACAGCGTGAACCCATGGCGTGGTTGATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCCATCTGTTCTTTGTCGACAGCCGCACCAGTGCCGCCACGGTTGCCGCGGCCGAGGCTCAAGCACACGATGTCGCGCATGTATCACGG > NC_002947/5765563‑5765854 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |