Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,841,904 | C→T | 10.8% | A158V (GCG→GTG) ‡ | calB → | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,841,904 | 0 | C | T | 10.8% | 120.2 / 6.0 | 47 | A158V (GCG→GTG) ‡ | calB | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base T (2/3); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
CCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGTGCAACCAGCGTGGG > NC_002947/5841757‑5842048 | ataGCGCACCTGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCcgc > 7:154824/3‑148 (MQ=255) cAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGa > 7:159801/1‑149 (MQ=255) cAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGa > 1:241694/1‑149 (MQ=255) gcACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACggg < 8:241283/149‑1 (MQ=255) gcgcTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTCGCGAGGCCACGCCCGAGACGGGCCTGGccc > 8:163601/1‑149 (MQ=255) cgcTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCAGGCCCGTCGCGGGCGTGGcctc < 4:50324/149‑3 (MQ=255) gcTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTg < 4:63786/149‑1 (MQ=255) gcTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTg > 2:205044/1‑149 (MQ=255) tCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATACTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTgcag > 3:181462/1‑148 (MQ=255) aaCCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCAGGCCCGTCGCGGGCGTGGcctcgc > 3:24574/1‑140 (MQ=255) aaCCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCAGGCCCGTCGCGGGCGTGGcctcgc < 4:24574/144‑5 (MQ=255) aaCCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCaa > 5:48547/1‑149 (MQ=255) cGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGc < 2:74219/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCgt < 2:241694/149‑1 (MQ=255) tCGTGCCGTGGTAATACCCGTTGTTACTCGGCCTCGGCCCGGTGTCCTTCGGCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCcaca < 2:168967/149‑1 (MQ=255) aCTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGc > 7:171015/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGtt > 4:194692/1‑149 (MQ=255) cccGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGtt < 8:117180/148‑1 (MQ=255) cccGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTtg < 1:205044/149‑1 (MQ=255) cGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTtgtg > 2:205593/1‑149 (MQ=255) gCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAg < 2:93727/147‑1 (MQ=255) ggCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGtt < 3:52165/129‑1 (MQ=255) ggCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGtt > 4:52165/1‑129 (MQ=255) gACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAg < 7:20372/148‑1 (MQ=255) cTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCt > 2:130957/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTgg < 2:34673/108‑1 (MQ=255) cgcCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTcg > 2:202344/1‑149 (MQ=255) cccTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTc > 7:207314/1‑119 (MQ=255) cccTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTc < 8:207314/119‑1 (MQ=255) gccgccGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTcgcccgc < 6:48547/147‑1 (MQ=255) ccgccgGCAACCGGGTCATTCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTg < 4:181462/149‑1 (MQ=255) cgccgGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGc < 8:154824/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGGGTCATGGTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTTTGTTCTCCACAGACTTGGTCAGCGTTGTGCTTGGTGAGGTCGAGGTGGGCTAGGCCTTcgc < 8:39685/137‑1 (MQ=255) ggCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCtt < 8:171015/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGACCACGCCCGCTACAGGACTGGCCCTGCAGCAACTGATCGAGCGTATGTTCACCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTAGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTcgc > 7:39685/1‑137 (MQ=255) gCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTc > 7:33307/1‑149 (MQ=255) ggTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGaccacc > 1:257840/1‑149 (MQ=255) tCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGtt > 7:178571/1‑148 (MQ=255) aaGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTc > 6:277564/1‑117 (MQ=255) aaGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTc < 5:277564/117‑1 (MQ=255) aaGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCa < 3:194692/148‑1 (MQ=255) aaGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCAc > 1:91973/1‑149 (MQ=255) aGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGt < 8:178571/147‑1 (MQ=255) agggCCAGGCCCGTCGCGGGCGTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTc > 6:61113/3‑138 (MQ=255) agggCCAGGCCCGTCGCGGGCGTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTc < 5:61113/136‑1 (MQ=255) aCGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGTGCAACCAGCGt > 8:241982/1‑149 (MQ=255) gCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTCGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGTGCACACAGCGTgg > 7:117106/1‑149 (MQ=255) cccGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGTGCAACCAGCGTggg < 1:202344/149‑1 (MQ=255) | CCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGCTCAAGCTTAGCGAGGCCACGCCCGCGACGGGCCTGGCCCTGCAGCAACTGCTCGAGCGTGTGTTCCCCACAGACCTGGTCAGCGTTGTGCTCGGTGAGGTCGAGGTGGGCCAGGCCTTCGCCCGCCTGCCCTTCGACCACCTGCTGTTCACTGGTGCAACCAGCGTGGG > NC_002947/5841757‑5842048 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |