Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,859,607 | C→T | 9.3% | A127T (GCC→ACC) | PP_5135 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,859,607 | 0 | C | T | 9.3% | 117.8 / 3.0 | 43 | A127T (GCC→ACC) | PP_5135 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/18); new base T (2/2); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
CTGACATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGCCCCCACACAGC > NC_002947/5859459‑5859754 | cTGACATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTggcggc > 7:187717/1‑149 (MQ=255) tGACATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGcc > 1:161886/1‑149 (MQ=255) aCATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGcc < 2:161886/147‑1 (MQ=255) aCATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGATGGCGGccc < 8:196612/148‑1 (MQ=255) gAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCa > 5:95053/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCa > 2:69138/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGcc > 8:223300/1‑149 (MQ=255) ggTTCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTTGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTTCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGCGGCGGCCCACACGTCCATGCCGa < 7:162264/149‑1 (MQ=255) ccGGACGAGGGCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCa < 8:99899/149‑1 (MQ=255) cGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAg > 3:173074/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACGGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCgg < 2:109024/149‑1 (MQ=255) ggTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTg > 5:248543/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTgg < 8:187717/149‑1 (MQ=255) ttGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAAtt > 6:97275/1‑149 (MQ=255) tttGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCg > 3:151374/1‑148 (MQ=255) tGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCgg < 7:223300/147‑1 (MQ=255) tGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCg < 4:151374/146‑1 (MQ=255) tACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGAt < 1:69138/149‑1 (MQ=255) tACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGAt < 4:173074/149‑1 (MQ=255) tCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCtt < 6:248543/149‑1 (MQ=255) gCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGccc < 1:109283/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAATCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTAGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTgg < 1:190094/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGATGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCa > 1:81935/1‑148 (MQ=255) tCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCt > 4:45859/1‑149 (MQ=255) aCCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTc < 5:259520/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAg > 8:55376/1‑114 (MQ=255) aCCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAg < 7:55376/114‑1 (MQ=255) ttCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACAAGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGa < 2:81935/148‑1 (MQ=255) ctcGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGa > 3:63677/1‑146 (MQ=255) ctcGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGa < 4:63677/146‑1 (MQ=255) ctcGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGa > 5:16057/1‑149 (MQ=255) tcGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGAt > 5:157390/1‑149 (MQ=255) tcGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGAt > 3:240274/1‑149 (MQ=255) cGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGTCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCAt < 2:268966/124‑1 (MQ=255) cGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGTCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCAt > 5:155477/1‑124 (MQ=255) cGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGTCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCAt > 1:268966/1‑124 (MQ=255) cGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGTCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCAt < 6:155477/124‑1 (MQ=255) tGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTc > 6:142923/1‑149 (MQ=255) ttGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATa > 7:22641/1‑104 (MQ=255) ttGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATa < 8:22641/104‑1 (MQ=255) gCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATgccgc > 4:140064/1‑147 (MQ=255) aaaTGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGc < 3:5929/66‑1 (MQ=255) aaaTGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGc > 4:5929/1‑66 (MQ=255) aaaTGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGc > 7:194354/1‑149 (MQ=255) aaTGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGcc < 6:157390/149‑1 (MQ=255) tggtggCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGcccc > 8:134670/1‑149 (MQ=255) gtggCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCCTGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGCCCCca > 5:137180/1‑149 (MQ=255) gcCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGCCCCCACACAGc > 2:38514/1‑149 (MQ=255) | CTGACATCCAGGAAGCCGGTGCCGGACGAGGCCGGGTTGGGCATGACGATCTTGCCTTTGTACTCAGGCTTGGTCAGGTCCTGCCAGCTCACCGGTTTGCTCAGACCCTGTTTCTCGGCCTCGATGGTGTTGAAGCAAATGGTGGCGGCCCACACGTCCATGCCGACCCAGGCTGGCGGGTTGGCGGCGTCGCGATAATTGCCGGAGATCTTGCCCAGGTCCTTTGGCGCATAGGCTTCGAGCATGCCGTTCTGGTCGAGGATGGCCAGGCTCGATGCCGCCAGCCCCCACACAGC > NC_002947/5859459‑5859754 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |