Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,900,954 | C→T | 8.9% | R333H (CGC→CAC) | PP_5174 ← | RND family transporter membrane fusion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,900,954 | 0 | C | T | 8.9% | 155.0 / 4.7 | 56 | R333H (CGC→CAC) | PP_5174 | RND family transporter membrane fusion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/25); new base T (3/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.84e-01 |
CTAACGAACATCAGGTACCAGACGAACGATTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCACTCAAGGG > NC_002947/5900814‑5901102 | cTAACGAACATCAGGTACCAGACGAACGATTGTTGCTGGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGAACACGCGCTCACCg < 4:153249/149‑1 (MQ=255) tAACGAACATCAGGTACCAGACGAACGATTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCgg > 3:257732/1‑149 (MQ=255) cgaacgaTTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCa < 3:159102/149‑1 (MQ=255) gaacgaTTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGc < 3:46476/129‑1 (MQ=255) aacgaTTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCAc > 3:79679/1‑148 (MQ=255) ttGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTTAAGCTTCCTTTCATTGCTCATCCTAGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGACGGCGGTGACCACGCGTGCACCGGGCTGCACACCGGCGATCAGCACGATGCt < 1:40627/149‑1 (MQ=255) ttGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCGTTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCgg < 5:223762/126‑1 (MQ=255) ttGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCgg > 6:223762/1‑126 (MQ=255) gAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcg < 6:60238/147‑1 (MQ=255) gTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcggtgc < 3:64927/149‑1 (MQ=255) ccAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTc > 7:62800/1‑149 (MQ=255) cAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCACTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCg < 2:130519/149‑1 (MQ=255) ggACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCCTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAg > 6:199803/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCg > 7:32698/1‑105 (MQ=255) gTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCg < 8:32698/105‑1 (MQ=255) ttGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcggtgcggt > 7:7510/1‑135 (MQ=255) ttGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcggtgcggt < 8:7510/135‑1 (MQ=255) aGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCAc < 8:84690/149‑1 (MQ=255) aTTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcggt > 1:222547/1‑115 (MQ=255) aTTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAgcggt < 2:222547/115‑1 (MQ=255) gcgcATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGt < 4:79679/148‑1 (MQ=255) cgcATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGt > 3:34987/1‑131 (MQ=255) cgcATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGt < 4:34987/131‑1 (MQ=255) gAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTAt > 6:215896/1‑149 (MQ=255) gTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTAt > 4:106113/1‑145 (MQ=255) gTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTAt < 3:106113/145‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCAccc < 4:257732/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCca > 2:53838/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACAcc > 8:48379/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACAcc > 8:103395/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCt < 8:62800/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCt > 4:177282/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCt > 2:92125/1‑149 (MQ=255) cAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTc < 1:19754/119‑1 (MQ=255) cAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTc > 2:19754/1‑119 (MQ=255) aGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTggg < 1:53838/149‑1 (MQ=255) ttGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCGCACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCACCGACACCGGTGGCCCCGGTCATGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGCTCtt > 5:195461/1‑149 (MQ=255) aGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGc < 1:92125/148‑1 (MQ=255) gTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCAc > 2:1010/1‑102 (MQ=255) gTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCAc > 4:230587/1‑149 (MQ=255) cGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTc > 5:29968/1‑148 (MQ=255) gCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCa < 3:77019/119‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCa > 4:77019/1‑119 (MQ=255) ccGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAg > 6:207431/1‑149 (MQ=255) cccggTGAGCGCGTGGTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGc > 7:36850/3‑148 (MQ=255) cggTGAGCGCGTGGTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTAt > 5:37176/1‑108 (MQ=255) cggTGAGCGCGTGGTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTAt < 6:37176/108‑1 (MQ=255) cggTGAGCGCGTGGTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTc > 4:102267/1‑142 (MQ=255) cggTGAGCGCGTGGTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTc < 3:102267/142‑1 (MQ=255) cggTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCATCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAg < 5:215896/149‑1 (MQ=255) cggTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAg < 7:103395/149‑1 (MQ=255) tGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGa < 7:140407/141‑1 (MQ=255) tGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGa > 8:140407/1‑141 (MQ=255) tGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCa < 5:207431/149‑1 (MQ=255) tGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCa > 8:239773/1‑149 (MQ=255) tGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCa > 5:240186/1‑149 (MQ=255) cgcTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCACTCAAggg < 6:240186/149‑1 (MQ=255) | CTAACGAACATCAGGTACCAGACGAACGATTGATGCTTGAGTGCCCAGTCGGACAGGTTGAAGCTTCCTTTCATTGCGCATCCTCGTCGAAGGTGACCTTCTGGCCAGGCTTGAGGCTGTTGACGCCGGCGGTGACCACGCGCTCACCGGGCTGCACACCGGCGCTCAGCACGATGCTGTCAGCGGTGCGGTCGATCAGCGCCACGTCACGGGTGGCCACGGTCTTGTTCTGCGTATCGATCACCCACACCTGGGTCTTGCCATCACGCTCGAGCAAGGCACTCAAGGG > NC_002947/5900814‑5901102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |