Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,064,072 | C→T | 8.7% | A135V (GCG→GTG) | ubiA → | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,064,072 | 0 | C | T | 8.7% | 126.6 / 2.9 | 46 | A135V (GCG→GTG) | ubiA | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/23); new base T (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 |
ACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTGGCTGCTGTATATCGCCAACCTGCT > NC_002947/6063927‑6064219 | acaGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGtt > 8:228943/1‑149 (MQ=255) agcagACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCt < 2:117357/149‑1 (MQ=255) agcagACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCt > 5:186699/1‑149 (MQ=255) agACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGGTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCt > 7:250159/1‑149 (MQ=255) cGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTAccc > 6:193946/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTc < 8:148705/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa < 7:228943/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa < 2:169577/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa < 5:157664/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAg < 5:193946/149‑1 (MQ=255) aGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGGGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAgcg < 3:243625/149‑1 (MQ=255) ggCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTa < 4:128806/149‑1 (MQ=255) cGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATTAAGCGCTacac < 6:126372/149‑1 (MQ=255) ggCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCtactac < 5:95614/149‑1 (MQ=255) cACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGTGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCg > 1:116023/1‑149 (MQ=255) cACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGTGTTATGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCg > 1:120055/1‑149 (MQ=255) cgAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAgg < 8:49303/149‑1 (MQ=255) gcgcTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAggtggt > 4:27038/1‑149 (MQ=255) ttCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGggcggc > 1:91413/1‑149 (MQ=255) cgcgATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTAcc > 5:127703/1‑125 (MQ=255) cgcgATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTAcc < 6:127703/125‑1 (MQ=255) gcgATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTa > 6:40701/1‑149 (MQ=255) tCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTgggg > 8:140204/1‑148 (MQ=255) gTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTAACCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTcc > 4:222259/1‑149 (MQ=255) tgctgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCttt > 3:101855/1‑148 (MQ=255) tgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTcaca < 3:222259/149‑1 (MQ=255) tgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTca > 4:38112/1‑147 (MQ=255) tgCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTgg < 2:91413/149‑1 (MQ=255) cACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCg > 8:3776/1‑149 (MQ=255) cACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCg < 3:27038/149‑1 (MQ=255) aCAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACCGCCAGCGGCTGTGaa < 7:140204/149‑1 (MQ=255) ccGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTgc < 5:40701/149‑1 (MQ=255) gCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGTGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACCGCCAGCGGCTGTGaaagccat < 2:120055/149‑7 (MQ=255) gCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGTGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACCGCCAGCGGCTGTGaaagccat < 2:116023/149‑7 (MQ=255) tCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCcggccggc > 7:132528/1‑149 (MQ=255) tCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCcggccggc < 8:132528/149‑1 (MQ=255) tGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGgcgc > 1:234402/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCa > 6:88737/1‑107 (MQ=255) gCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCa < 5:88737/107‑1 (MQ=255) ggtcggtcgGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTgg < 8:250159/148‑1 (MQ=255) tCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTgg < 7:3776/147‑1 (MQ=255) gTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTgg < 6:160041/145‑1 (MQ=255) gTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTgg > 5:160041/1‑145 (MQ=255) gTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTGgctg < 2:52697/148‑1 (MQ=255) ggTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTGGCTGCTGTATATCg > 1:128628/1‑149 (MQ=255) gCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTGGCTGCTGTATATCGCCAACctgct > 5:209319/1‑149 (MQ=255) | ACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGCGGTGAACTGCCGGCCGGCGCCTGGCTGCTGTATATCGCCAACCTGCT > NC_002947/6063927‑6064219 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |