Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,150,510 | C→T | 7.2% | intergenic (‑2694/‑480) | PP_5393 ← / → PP_5395 | metal‑binding chaperone/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,150,510 | 0 | C | T | 7.2% | 160.4 / 2.2 | 55 | intergenic (‑2694/‑480) | PP_5393/PP_5395 | metal‑binding chaperone/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/26); new base T (2/2); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
AGGCACTTTTCACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAGTGTAGTGC > NC_002947/6150363‑6150650 | aGGCACTTTTCACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCa > 6:154603/1‑149 (MQ=255) aCTTTTCACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGAt > 5:10635/1‑149 (MQ=255) ttttCACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTc > 8:244610/1‑149 (MQ=255) cACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGgt < 7:159385/148‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGtgtg < 2:128169/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCAt < 6:10635/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGAATCGGTGTGCAt > 1:153142/1‑149 (MQ=255) ccTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCtt > 5:85542/1‑149 (MQ=255) ttCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCAt > 5:253107/1‑133 (MQ=255) ttCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCAt < 6:253107/133‑1 (MQ=255) cccTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAACTCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTttgt < 6:220686/148‑1 (MQ=255) atCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGAGA‑GTGGTAA‑TGGTCGTTCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAATTAGTTCCCTTTGTTGTCGTGTTTg > 4:36021/2‑148 (MQ=255) tCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGa > 6:265913/1‑149 (MQ=255) cGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGCCACGATTCGGTGTGCATGAAGTCGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGAc < 7:244610/149‑1 (MQ=255) gAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGa < 7:75367/147‑1 (MQ=255) gACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCa < 5:265913/149‑1 (MQ=255) gACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCa > 4:151400/1‑149 (MQ=255) gACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GGGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCa < 6:114001/149‑1 (MQ=255) cTATCCGGTTGCACCGTCATACCTAATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCAcc < 1:47659/149‑1 (MQ=255) tCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCtt > 8:206094/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTc < 6:85542/148‑1 (MQ=255) gCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGt > 1:9598/1‑147 (MQ=255) gCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGGTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTga < 6:250216/149‑1 (MQ=255) aCCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCtt > 4:162116/1‑109 (MQ=255) aCCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCtt < 3:162116/109‑1 (MQ=255) tCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTttg < 1:251584/107‑1 (MQ=255) tCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTttg > 2:251584/1‑107 (MQ=255) aTACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATAcc < 3:151400/148‑1 (MQ=255) cGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGt < 6:45609/135‑1 (MQ=255) cGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGt > 5:45609/1‑135 (MQ=255) cATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATg > 1:76245/1‑149 (MQ=255) aCCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGAGGTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAATTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATAc > 1:191330/1‑139 (MQ=255) aCCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATAc < 2:191330/138‑1 (MQ=255) ccAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTtg > 6:247143/1‑149 (MQ=255) aaTCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGc > 6:151178/1‑149 (MQ=255) gcTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAag < 7:206094/149‑1 (MQ=255) gcTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAag < 5:154603/149‑1 (MQ=255) aCTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCACTGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAgg > 1:184121/1‑149 (MQ=255) aCTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGTACGATTCGGTGTGCATGAAGTTGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGt > 7:81116/1‑149 (MQ=255) aCTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGTACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGt > 7:85001/1‑149 (MQ=255) ccATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGt > 7:7492/1‑149 (MQ=255) ccATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGGTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGc < 4:228683/147‑1 (MQ=255) gCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACa < 2:184121/148‑1 (MQ=255) tCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACa > 3:177387/1‑146 (MQ=255) tGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGcaa < 5:151178/149‑1 (MQ=255) a‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTaaa < 2:76245/149‑1 (MQ=255) tGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAAt > 4:45331/1‑148 (MQ=255) gTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATaa < 3:36021/148‑1 (MQ=255) tCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTACCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAgt > 1:134533/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAGTGTAg > 2:248538/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGTACTATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCACTTTTTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAGTGTAGTGc < 8:85001/148‑1 (MQ=255) gTGCTGGTACGATTCGGGGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTCTTGTGCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGGCATGGTTGTGCGCGATGAGGTGCGTCAGCGGAGAGAGCAAGAAAACTAAATTAGTGTAGTGc < 8:81116/148‑1 (MQ=255) gTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAGTGTAGTGc < 5:247143/148‑1 (MQ=255) gCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCg > 1:47857/1‑94 (MQ=255) gCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCg < 2:47857/94‑1 (MQ=255) | AGGCACTTTTCACTGCAGAAGCGGTATGTCCTTCCCTCGTATAGCTCGAAGTAGCGACTATCCGGTGGCACCGTCATACCGCATACCAAATCGCGCTGACTACCATCCGGTTGCTCATGCGGTTGCGA‑GTGGTCA‑TGGTCGTGCTGGCACGATTCGGTGTGCATGAAGTAGTTCCCTTTGTTGTCCGGTTTGGACGAGTTTTCACCCTTCTGGTGAGAATACCTGCCATGGTTGTGCCCGAAGAGGTGCGTCAGCGGACAGAGCAACAAAACTAAATAAGTGTAGTGC > NC_002947/6150363‑6150650 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |