| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 48,872 | T→G | 10.0% | D168A (GAC→GCC) ‡ | czcA‑I ← | cation efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 48,872 | 0 | T | G | 10.0% | 164.6 / 10.5 | 60 | D168A (GAC→GCC) ‡ | czcA‑I | cation efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/23); new base G (2/4); total (33/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
GCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTG > NC_002947/48728‑49017 | gCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTg < 7:95701/149‑1 (MQ=255) tGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGa < 6:269727/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAcg > 2:193860/1‑149 (MQ=255) cAGGTCATTTAGTTTCATTTTGTAGGTATCCAGGCGCTTTGTATCCGGCGC‑AACCATGAACTGCTTGGAATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCTGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatc < 8:40386/148‑3 (MQ=255) cAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAcgc > 2:77388/1‑149 (MQ=255) aGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatcaa < 5:143365/149‑5 (MQ=255) aGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatc > 7:40386/1‑145 (MQ=255) ggTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCTAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAcgcg > 1:198462/1‑149 (MQ=255) ggTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAcgcg > 4:136846/1‑148 (MQ=255) ggTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatcaag < 3:129940/149‑6 (MQ=255) gTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatcaagc < 6:169052/149‑7 (MQ=255) aTTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAggt > 6:93107/1‑149 (MQ=255) tCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTgg < 3:30278/128‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTgg > 4:30278/1‑128 (MQ=255) tCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 3:136846/149‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 2:198462/149‑1 (MQ=255) tCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGAGCTCGGCCACCCCCGGGACGTGACGCAGCTGAGGCTTGATGATCACGTCCTGGATCACTCGACGGTCGGTCggg > 6:31181/1‑149 (MQ=255) gcAGCGTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑CACCAGGAACTGCTGGGCATACCCGCCGAGGGTATTGATCGCGGCCCCCCCCGGGACGTTACGCAGCTGCGGCTTGCTGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 5:31181/148‑1 (MQ=255) gtagCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCg > 8:32724/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTAGTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCg > 4:211093/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGt > 8:184953/1‑149 (MQ=255) cTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCAAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCtt > 2:209100/1‑149 (MQ=255) gATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGAcc > 6:162541/1‑149 (MQ=255) ccGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACcgc < 7:184953/148‑1 (MQ=255) gcgc‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCa > 4:103398/1‑149 (MQ=255) aCCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTc < 2:161388/149‑1 (MQ=255) aCCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTc > 1:161388/1‑149 (MQ=255) gAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCtt < 7:32724/149‑1 (MQ=255) gAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCtt > 2:151026/1‑149 (MQ=255) tGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCaa > 8:33988/1‑148 (MQ=255) aTAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCcaca > 6:17873/1‑149 (MQ=255) tAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAg < 1:193860/149‑1 (MQ=255) gccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGTTCGGTGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGa < 5:93107/149‑1 (MQ=255) ccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGAt < 7:33988/149‑1 (MQ=255) tATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑cc > 2:139601/1‑148 (MQ=255) ggCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCgg < 4:231347/146‑1 (MQ=255) ccACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGa > 7:227056/1‑148 (MQ=255) acCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGCGGCCGGTAGATACCg > 5:252190/1‑149 (MQ=255) cccGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCCGTGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCAATCTTCGGCAACAACAGTCCACAGCAAGAACTCG‑CCGAGGCCGGAAGATAACg > 8:251120/1‑148 (MQ=255) gcGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATGCATTCCTGGATCTCGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTTAGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATGTTCGGCTTCATCAGTCCACAGGTTGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGa < 7:251120/148‑1 (MQ=255) gTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGa < 5:162541/149‑1 (MQ=255) ttACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGa < 1:139601/149‑1 (MQ=255) tACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACg > 1:170202/1‑149 (MQ=255) cGCAGCTTAGGCTTCATGACCCAGTCCTGGATCACGCGCTGGGCGGTCGGTGGGTACGGCTTACCGCCCTCTTTTACCTCGCCATCTTCGGCCTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGc < 1:209100/149‑1 (MQ=255) gCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGc > 6:137084/1‑123 (MQ=255) gCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGc < 5:137084/123‑1 (MQ=255) gCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGc < 5:222564/148‑1 (MQ=255) gCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGc > 6:222564/1‑148 (MQ=255) aGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCctc > 2:184488/1‑149 (MQ=255) aGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCctc < 8:227056/149‑1 (MQ=255) gCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCctct < 1:184488/149‑1 (MQ=255) gCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCt > 3:87604/1‑149 (MQ=255) ttGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTAAAGTACTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGAAATAG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGAAGGCCTCTACACCTTc > 1:13450/1‑149 (MQ=255) cgtgatCCAGGACTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTg > 6:64664/3‑149 (MQ=255) atgatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTgg < 5:17873/149‑1 (MQ=255) atCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCa < 2:170202/148‑1 (MQ=255) atCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAg > 4:59990/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGTAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGc > 2:247754/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCAGGTAGATAACGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGc > 5:164855/1‑149 (MQ=255) cAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTg > 7:251527/1‑149 (MQ=255) | GCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGC‑AACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCG‑CCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTG > NC_002947/48728‑49017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |