Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 725,706 | A→C | 6.2% | L65V (TTG→GTG) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 725,706 | 0 | A | C | 6.2% | 203.7 / 3.6 | 64 | L65V (TTG→GTG) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/28); new base C (2/2); total (34/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
GACACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAG > NC_002947/725561‑725854 | gACACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACt < 6:102843/148‑1 (MQ=255) acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 2:174312/149‑1 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGa > 3:234945/1‑149 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGa > 6:35328/1‑149 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGAt < 5:205141/149‑1 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGAt > 6:205141/1‑149 (MQ=255) aaGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATg < 5:227147/149‑1 (MQ=255) cttccaggggTGCA‑CCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGc > 4:55407/8‑148 (MQ=255) acgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGc > 2:221365/1‑148 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 1:209888/128‑1 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg > 2:209888/1‑128 (MQ=255) ggTGCACTCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgc < 2:131869/146‑1 (MQ=255) ggTGCACTCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGgc > 1:131869/1‑146 (MQ=255) gcacccTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGcc < 3:55407/146‑1 (MQ=255) ccTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATg > 6:198402/1‑149 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCg > 3:85941/1‑120 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTCg < 4:85941/120‑1 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGc < 2:220527/149‑1 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGc < 6:41729/149‑1 (MQ=255) gTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTg > 3:170997/1‑149 (MQ=255) tGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGc > 7:80611/1‑149 (MQ=255) cATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAg < 5:198402/149‑1 (MQ=255) ccGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCAGTAGCTGGCg > 1:260246/1‑147 (MQ=255) tGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGgcg < 1:221365/149‑1 (MQ=255) ttCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGccc > 5:146153/1‑148 (MQ=255) cTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGAc < 4:234945/148‑1 (MQ=255) 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tctcggCCTTGGCGGGGTTGCTTTCGGTTTCGTTGTGTTTTTAGTTGTGGGGGTGGCCGAGCTACTGGGGGTGCTGGGCTTTGGCCTGGCGCGAGCCCATGTCGGCTTACTTGCCGTTGGTGGCGAAGGCGCCGGACTTGGATTTTAGc < 2:260246/144‑1 (MQ=255) cACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGAc > 7:222804/1‑136 (MQ=255) gCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATa < 4:170997/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATa < 7:97355/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt < 5:35328/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt > 5:204485/1‑147 (MQ=255) gctgtGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 4:180372/145‑1 (MQ=255) gCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 8:80611/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTg < 4:90123/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGt < 1:69888/145‑1 (MQ=255) ttCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGt > 2:69888/1‑145 (MQ=255) tgtCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGc > 5:127456/1‑148 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAg > 8:224865/1‑129 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGaa < 1:138194/149‑1 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGaa > 2:147696/1‑149 (MQ=255) gATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATg > 4:27283/1‑149 (MQ=255) gATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATg > 5:110640/1‑149 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGAc < 8:52525/111‑1 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGAc > 7:52525/1‑111 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGc > 5:31679/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGNGGGTGCTCGGAGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTAGGCGTACTTGACGTAGCTGGAGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCAAAGAAGTTCAGCTGTTGGTCGGCGAATGCCCg > 1:22615/1‑147 (MQ=255) 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gAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAc > 6:142478/1‑149 (MQ=255) cAACTGCGGGTGTTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCt > 3:12321/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTaa < 6:146153/149‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg < 2:270328/149‑1 (MQ=255) | GACACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTCGGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAG > NC_002947/725561‑725854 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |