Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 725,711 | G→A | 6.3% | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 725,711 | 0 | G | A | 6.3% | 187.2 / 2.1 | 63 | P63L (CCG→CTG) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/28); new base A (2/2); total (33/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 |
ACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAG > NC_002947/725564‑725854 | acTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 2:174312/149‑1 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGa > 3:234945/1‑149 (MQ=255) cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGa > 6:35328/1‑149 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGAt < 5:205141/149‑1 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGAt > 6:205141/1‑149 (MQ=255) aaGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATg < 5:227147/149‑1 (MQ=255) cttccaggggTGCA‑CCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGc > 4:55407/8‑148 (MQ=255) acgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGc > 2:221365/1‑148 (MQ=255) aGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCgg < 1:209888/128‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCACCCGCAGTTGCTC‑g > 3:85941/1‑120 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGc < 2:220527/149‑1 (MQ=255) aagaagCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGc < 6:41729/149‑1 (MQ=255) gTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTg > 3:170997/1‑149 (MQ=255) tGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGc > 7:80611/1‑149 (MQ=255) 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tctcggCCTTGGCGGGGTTGCTTTCGGTTTCGTTGTGTTTTTAGTTGTGGGGGTGGCCGAGCTACTGGGGGTGCTG‑GGCTTTGGCCTGGCGCGAGCCCATGTCGGCTTACTTGCCGTTGGTGGCGAAGGCGCCGGACTTGGATTTTAGc < 2:260246/144‑1 (MQ=255) cACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGAc > 7:222804/1‑136 (MQ=255) gCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATa < 4:170997/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATa < 7:97355/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt < 5:35328/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt > 5:204485/1‑147 (MQ=255) gctgtGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 4:180372/145‑1 (MQ=255) gCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 8:80611/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTg < 4:90123/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGt < 1:69888/145‑1 (MQ=255) ttCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGt > 2:69888/1‑145 (MQ=255) tgtCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGc > 5:127456/1‑148 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAg > 8:224865/1‑129 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGaa > 2:147696/1‑149 (MQ=255) tCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGaa < 1:138194/149‑1 (MQ=255) gATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATg > 5:110640/1‑149 (MQ=255) gATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATg > 4:27283/1‑149 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGAc < 8:52525/111‑1 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGAc > 7:52525/1‑111 (MQ=255) aTGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGc > 5:31679/1‑149 (MQ=255) tttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGNGGGTGCTC‑GGAGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTAGGCGTACTTGACGTAGCTGGAGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCAAAGAAGTTCAGCTGTTGGTCGGCGAATGCCCg > 1:22615/1‑147 (MQ=255) ttGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgtg > 2:147998/1‑149 (MQ=255) tGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGgt < 2:173863/147‑1 (MQ=255) gTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGtgtg > 4:62545/1‑149 (MQ=255) gTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGa < 5:81245/149‑1 (MQ=255) atcgCCGAGCACCCGCAGTTGCTC‑GGCAATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAggg > 6:199081/4‑147 (MQ=255) 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gAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTAc > 6:142478/1‑149 (MQ=255) cAACTGCGGGTGTTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCt > 3:12321/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTaa < 6:146153/149‑1 (MQ=255) aCTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg < 2:270328/149‑1 (MQ=255) cTGCGGGTGCTCTAGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg < 1:227686/149‑1 (MQ=255) | ACTGCCAGTGCCGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAG > NC_002947/725564‑725854 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |