| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 725,713 | G→T | 6.3% | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 ← | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 725,713 | 0 | G | T | 6.3% | 203.6 / 3.5 | 63 | H62Q (CAC→CAA) | PP_0619 | branched‑chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/28); new base T (2/2); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
CGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCACCCA > NC_002947/725575‑725861 | cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGa > 6:35328/1‑149 (MQ=255)cGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGa > 3:234945/1‑149 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGAt < 5:205141/149‑1 (MQ=255) gAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGAt > 6:205141/1‑149 (MQ=255) aaGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATg < 5:227147/149‑1 (MQ=255) cttccaggggTGCA‑CCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGc > 4:55407/8‑148 (MQ=255) acgacAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGc > 2:221365/1‑148 (MQ=255) ggTGCACTCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGgc > 1:131869/1‑146 (MQ=255) ggTGCACTCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGgc < 2:131869/146‑1 (MQ=255) 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gCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATa < 7:97355/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt < 5:35328/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGt > 5:204485/1‑147 (MQ=255) gctgtGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 4:180372/145‑1 (MQ=255) gCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAg < 8:80611/149‑1 (MQ=255) 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aCTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg < 2:270328/149‑1 (MQ=255) cTGCGGGTGCTCTAGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAg < 1:227686/149‑1 (MQ=255) gTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCACCCa < 6:127456/149‑1 (MQ=255) | CGAAGACGACAGGGTGCACCCCTGGAAGAAGCGTGCACCATCCTGGCCGATGGCTTCCTGCACCTTGCGCACCGCCTTGCCGGCGTTGCCTTCGGTGTCGATGACTTTGTACTTGAGCGGGTGGCCGAGCAACTGCGGGTGCTC‑GGCGATGGCCAGGCGCGAGCCCATGTCGGCGTACTTGCCGTAGCTGGCGAAGGCGCCCGACATGGACTTGAGCCCATAGAAGGTCAGCGGTTGGTCGGCGAATGCCCGGTGTGCCCCCAAGGGGAGGCTACCTAAGGCACCCA > NC_002947/725575‑725861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |