Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 858,322 | C→G | 6.9% | A168P (GCA→CCA) | phr ← | deoxyribodipyrimidine photolyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 858,322 | 0 | C | G | 6.9% | 181.8 / 3.3 | 58 | A168P (GCA→CCA) | phr | deoxyribodipyrimidine photolyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/26); new base G (2/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
GAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACTT > NC_002947/858176‑858469 | gAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGc > 8:121552/1‑147 (MQ=255) tGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAgggcgg < 1:12484/149‑1 (MQ=255) aCAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAgggcggg < 5:203160/148‑1 (MQ=255) gCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGc > 4:154545/1‑149 (MQ=255) gCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTg > 4:64607/1‑146 (MQ=255) ccTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTg > 1:103183/1‑145 (MQ=255) cTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGAt > 3:81895/1‑149 (MQ=255) taaGCTTAACCCGCAGGCCAGTGGTAGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTACGAACCCCTCTAAATGTTTCGGGATTTGGTAGCAGCCGATGTTAAGCCGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCCTGCCa > 8:154980/3‑124 (MQ=255) tCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCa < 7:154980/124‑1 (MQ=255) tCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATg > 2:184382/1‑149 (MQ=255) cGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACGCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGTGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCACAAGGCAg < 1:26174/149‑1 (MQ=255) ccAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGtcttct < 4:81895/149‑1 (MQ=255) aaTGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGaa > 3:230921/1‑149 (MQ=255) aaTGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGaa < 1:184382/149‑1 (MQ=255) ggCGTGGCTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTg > 4:30884/1‑149 (MQ=255) gCGTGGCTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTTAACACCTgg < 3:30884/149‑1 (MQ=255) gTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTgg > 6:59714/1‑147 (MQ=255) gTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGaa < 3:64607/149‑1 (MQ=255) ggTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGt < 3:92797/149‑1 (MQ=255) gTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGaa > 3:63078/1‑146 (MQ=255) gTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGaa < 4:63078/146‑1 (MQ=255) gTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGt < 3:88880/148‑1 (MQ=255) cccTCTACATGTTGCCGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGCTCTTCTTGAACTGGATGAACACCTGCAAGTAATCGCCACTGc > 8:214869/1‑148 (MQ=255) ctctACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGaa < 3:220805/132‑1 (MQ=255) ctctACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGaa > 4:220805/1‑132 (MQ=255) ctACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCgagt > 5:56594/1‑148 (MQ=255) tACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCgagt < 5:59714/147‑1 (MQ=255) tACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTGCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCgagtga < 3:154545/149‑1 (MQ=255) aCATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCgagtga < 8:62871/148‑1 (MQ=255) aCATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCgagt > 7:62871/1‑146 (MQ=255) aTGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTa > 4:12353/1‑149 (MQ=255) gTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTcttctt < 8:153255/103‑1 (MQ=255) gTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTcttctt > 7:153255/1‑103 (MQ=255) ttGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACgg > 8:215586/1‑149 (MQ=255) ggTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCcggacg > 3:24444/1‑148 (MQ=255) cTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGgaagaa > 3:157035/1‑149 (MQ=255) tGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGgaagaa > 5:51036/1‑148 (MQ=255) ccGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAg > 4:120152/1‑149 (MQ=255) ccGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAg < 6:51036/149‑1 (MQ=255) cGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGc < 7:121552/149‑1 (MQ=255) cGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGc < 3:120152/149‑1 (MQ=255) aTGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGgaa > 1:10416/1‑140 (MQ=255) aTGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGgaa < 2:10416/140‑1 (MQ=255) aGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAg < 6:56594/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTgg < 7:215586/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTgg < 4:157035/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGc > 7:11930/1‑149 (MQ=255) ggCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATTCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGAGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGCACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTgc > 2:103948/1‑149 (MQ=255) gcTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAg < 7:49711/127‑1 (MQ=255) gcTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAg > 8:49711/1‑127 (MQ=255) cTTCACCCGACGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGACTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGAGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCt > 4:75662/1‑149 (MQ=255) ctgcccGCCCTGGCACGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCt > 2:207626/4‑147 (MQ=255) ctgcccGCCCTGGCACGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCt < 1:207626/144‑1 (MQ=255) ctgcccGCCCTGGCACGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTg > 6:246113/4‑148 (MQ=255) cccGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATg < 4:24444/149‑1 (MQ=255) ccgccgTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATgg < 7:214869/149‑1 (MQ=255) ccgccgTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATgg > 7:49856/1‑149 (MQ=255) gcccTGGCACGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGcc < 5:246113/149‑1 (MQ=255) gCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACtt > 6:215670/1‑149 (MQ=255) | GAAGCGTGACAGGCGGGACTGTGCCTCAGCTTCACCGGCTGGCCAGTGGTCGCGCAATGCGGGCGTGGTTTTTCCGAACCCCTCTACATGTTGCGGGATTGGGTCGCTGCCGATGTTCAGCGGGGCCTGGCGCTTCACCCGCCGTGCCAGGGCGGGCAGGCTGCGGTGCAGATGCTCAAGGCAGGTCTTCTTGAACTGGCTGAACACCTGGAAGTAATCGCCACTGCGAGTGAGTACGGTGCCCGGACGGAAGAACAGCTGGTCGAGGTGGCTGTGCGCCTGGATGGCCGACTT > NC_002947/858176‑858469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |