Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 960,936 | C→G | 10.6% | G149R (GGA→CGA) | selU ← | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 960,936 | 0 | C | G | 10.6% | 95.9 / 3.1 | 37 | G149R (GGA→CGA) | selU | tRNA 2‑selenouridine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/17); new base G (2/2); total (18/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 |
CCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCGCAGG > NC_002947/960792‑961084 | ccAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGCGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCAcc > 5:119111/1‑148 (MQ=255) gCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGAc > 5:241694/1‑148 (MQ=255) gTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGTCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTa > 7:251859/1‑149 (MQ=255) gTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCAcc < 8:183152/141‑1 (MQ=255) gTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCAcc > 7:183152/1‑141 (MQ=255) ttCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACTGGTCGGTGGACTGACCGGTAcc < 3:225081/148‑2 (MQ=255) cgcCGGTTGCGCAGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCa < 5:164611/149‑1 (MQ=255) gcCGGTTGCGCCTTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGTTTGGCTTGGACTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCAc < 8:237675/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAATCTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCg < 6:241694/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCg > 2:56403/1‑149 (MQ=255) cgcCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATc > 1:38783/1‑129 (MQ=255) cgcCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATc < 2:38783/129‑1 (MQ=255) ccGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTgg < 3:43683/149‑1 (MQ=255) gctcgcTTGCCGAAACTGGTGCCGCGATGGTGGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCTGCTGGTGCAGCACATCGGGCTTGCCGGTACCGTTCATTCCAACGACCAGTACGAAATAGCATTTCTGCACCGCTTGCTGtgttgt < 8:251859/146‑1 (MQ=255) gcgcgcTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATAGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGCCGACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGATTGCTGGGTAGt > 8:154133/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCca < 1:243442/149‑1 (MQ=255) cGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCcagcag > 1:205389/1‑148 (MQ=255) cGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCcagcag > 1:104682/1‑148 (MQ=255) gcgATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATgg > 8:875/1‑149 (MQ=255) gATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGcc > 5:180770/1‑149 (MQ=255) tGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCtt > 4:141336/1‑149 (MQ=255) ccTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCttt < 5:45424/149‑1 (MQ=255) tCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACNCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCgg < 1:25480/149‑1 (MQ=255) ccAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCggg > 1:256791/1‑149 (MQ=255) aGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTa < 1:241977/149‑1 (MQ=255) cACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACt > 5:200598/1‑149 (MQ=255) cACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACt < 7:875/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATAcc > 3:103663/1‑149 (MQ=255) aGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGc < 2:104682/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCttt < 6:44306/124‑1 (MQ=255) gCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCttt > 5:44306/1‑124 (MQ=255) cagcaCATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATcgc < 6:119111/149‑1 (MQ=255) tCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGcagcca < 3:21545/149‑1 (MQ=255) atttcgTACTGGTCGGTGGACTGACCGGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATAc > 6:67459/6‑123 (MQ=38) atttcgTACTGGTCGGTGGACTGACCGGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATAc < 5:67459/118‑1 (MQ=38) gTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGAt < 2:256791/149‑1 (MQ=255) aGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCg > 3:5659/1‑149 (MQ=255) cACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCGCAgg > 1:41467/1‑149 (MQ=255) cACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCGCAgg > 5:237481/1‑149 (MQ=255) cACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCGCAg < 3:141336/148‑1 (MQ=255) | CCAGCTGGTTTTCAAAGTCGATCTGCGCCGGTTGCGCCGTGGCGCGCTTGCCGAAACTGGAGCCGCGATGGTTGGCGTGGCCTTCAAGGTCCAGCACGTTGTCCAGCTGGTGCAGCACATCGGTCTTGCCGGTACCGGTCAGTCCACCGACCAGTACGAAATCGCATTGCTCCACCGCTTGCTGGGTAGTCTCCAGCAGGAAGGTACGCATGGCCTTGTAGCCGCCTTTGACACGCGGGTACTGAATACCCGCCTCATCGCGCAGCCAGCCCTGCACGATCTGCGATCGCAGG > NC_002947/960792‑961084 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |