Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 998,904 | G→A | 8.1% | Y405Y (TAC→TAT) | PP_0861 ← | outer membrane ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 998,904 | 0 | G | A | 8.1% | 140.3 / 3.6 | 49 | Y405Y (TAC→TAT) | PP_0861 | outer membrane ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/21); new base A (2/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
TTGCGCGAGATGGCACCGTTCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAG > NC_002947/998761‑999051 | ttGCGCGAGATGGCACCGTTCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCt > 5:268012/1‑149 (MQ=255) aTGGCACCGTTCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGcgctc < 7:218031/149‑1 (MQ=255) ggCACCGTTCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGGACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGcgctcgc > 5:30401/1‑149 (MQ=255) ttCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCtt > 1:197039/1‑148 (MQ=255) aCGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGGACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACgg < 6:30401/149‑1 (MQ=255) aCGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACgg < 8:54522/149‑1 (MQ=255) gATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCt > 4:157220/1‑148 (MQ=255) atcatcCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCa < 7:88092/149‑1 (MQ=255) atcCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGtt < 5:222876/149‑1 (MQ=255) tcCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTc > 1:240603/1‑149 (MQ=255) cgggttcgggttGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGa < 5:114171/149‑1 (MQ=255) cgggttcgggttGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGa < 6:268012/149‑1 (MQ=255) ggttGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTc > 6:165356/1‑149 (MQ=255) cTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCgaga < 3:157220/148‑1 (MQ=255) tCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAg > 3:235638/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCgaga > 2:76564/1‑145 (MQ=255) aGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCgaga < 1:76564/145‑1 (MQ=255) aaGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGttt < 5:5996/149‑1 (MQ=255) aaGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGttt < 5:215241/149‑1 (MQ=255) cAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCAt > 4:33175/1‑149 (MQ=255) ataGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATgccgc > 8:56709/1‑149 (MQ=255) taGCCACTGGTGGCGCCGATCAGGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGCCCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTGTTTCATgccgcc > 6:73698/1‑149 (MQ=255) ccACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGCCCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGCTAGAGAAGCTGTTGTTCATGCCGCCAAc > 6:133909/1‑149 (MQ=255) ccACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGctctct > 2:169195/1‑99 (MQ=255) ccACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGctctct < 1:169195/99‑1 (MQ=255) gATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCg > 2:237515/1‑148 (MQ=255) gATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCg > 2:235985/1‑148 (MQ=255) aTCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGaa < 4:235638/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGaa > 6:86298/1‑145 (MQ=255) ccTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGAt < 2:240603/148‑1 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTATAGCTTGAGCGCTCGCTCTATTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGc < 5:145750/138‑1 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTATAGCTTGAGAGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGc > 6:145750/1‑138 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTATAGATTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCAGCCAACGTaaaaagagc > 6:149562/1‑133 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCGGGCTCGGTGTCGGTGTCGACGGTATAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGGTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGc < 5:149562/138‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggt < 1:235985/148‑1 (MQ=255) aGTTGCTGTTGTCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCTCACTCTTCACCGCTCAGTTCGAAACCGTTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCAGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGAACGGACtggttg > 4:168807/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttgg > 2:262288/1‑149 (MQ=255) tGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTtggtgg > 1:50617/1‑147 (MQ=255) gTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTCTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAg > 8:31780/1‑149 (MQ=255) ccacacccgCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGCCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTCTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGC > 2:62983‑M1/5‑149 (MQ=255) cACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGacac < 3:33175/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACg > 5:26577/1‑149 (MQ=255) cggtgtcggtgtCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACgg < 2:50617/149‑1 (MQ=255) cggtgtcgggggCGAGGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCCGTTCGATACCGGGCGCGAAGCTGTTGTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGACCAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACgg < 5:133909/149‑1 (MQ=255) gtcggtgtcgACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGgtgt > 3:95587/1‑149 (MQ=255) ggtgtcgACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTCTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTg < 7:31780/148‑1 (MQ=255) gACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTggcgcgg < 5:86298/148‑1 (MQ=255) gACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGc < 2:22977‑M2/149‑2 (MQ=255) gACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGc > 1:262288‑M2/1‑148 (MQ=255) gtgtAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGACGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGcgc < 4:194248‑M2/147‑4 (MQ=255) tgtAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCTCGGCTGAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAATCTCGACGATCTGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAg < 1:62983/149‑1 (MQ=255) tgtAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGccgcgccaacacccgtgtcggcaacaccgccac < 7:56709‑M1/149‑34 (MQ=255) | TTGCGCGAGATGGCACCGTTCCACGGATCATCCGGGTTCGGGTTGCTCAGCGAAGTGCAGTTATAGCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAG > NC_002947/998761‑999051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |