| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,025,784 | T→G | 7.0% | D395A (GAC→GCC) | dppA‑II ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,025,784 | 0 | T | G | 7.0% | 173.2 / 3.8 | 57 | D395A (GAC→GCC) | dppA‑II | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/25); new base G (2/2); total (30/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
TAGAGGGTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCG > NC_002947/1025637‑1025927 | tAGAGGGTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGt < 5:265663/148‑1 (MQ=255) ggTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCt < 5:94328/149‑1 (MQ=255) cccAGCCTGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGa < 1:123783/148‑1 (MQ=255) ccagccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCTATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCGGACTGGAGc < 3:131743/149‑1 (MQ=255) cagccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCa > 2:111599/1‑149 (MQ=255) cagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTc < 3:241273/149‑1 (MQ=255) gTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCgg < 1:111599/149‑1 (MQ=255) tCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCAATTCGTAGAGGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGACCGCCTGGAGCATTTCGGcct > 2:221678/1‑147 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt < 3:12685/149‑1 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt < 2:33482/149‑1 (MQ=255) cGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCa < 2:119436/149‑1 (MQ=255) cGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCa < 2:123588/149‑1 (MQ=255) aGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCATGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACggg > 7:43640/1‑149 (MQ=255) gggCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCAcc > 4:109603/1‑149 (MQ=255) ggCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCg > 7:158064/1‑149 (MQ=255) tGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCca < 7:208973/149‑1 (MQ=255) cACCGTTTTTCATTCGGTTTTGGTATTTGCCCCATTCGTTGCTGACGTTGCTATATCCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCcaca < 1:221678/149‑1 (MQ=21) cACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCg > 7:163994/1‑81 (MQ=255) cACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCg < 8:163994/81‑1 (MQ=255) aCCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAgg < 8:158064/148‑1 (MQ=255) aCCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑ACA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGtt < 7:163312/128‑1 (MQ=255) aCCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑ACA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGtt > 8:163312/1‑128 (MQ=255) tttttCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGAt > 5:124767/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGAGGTATTCGCTCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGTCCCACAGGGTGATCTCGGTGc > 5:198933/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGc > 8:200626/1‑149 (MQ=255) cTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAg > 5:93675/1‑149 (MQ=255) tGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAg > 4:185576/1‑147 (MQ=255) tGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAg < 3:185576/147‑1 (MQ=255) gTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGa > 2:131168/1‑149 (MQ=255) ccccATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGc < 1:131168/149‑1 (MQ=255) ccATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCct > 3:243545/1‑149 (MQ=255) aTTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgc < 6:124767/149‑1 (MQ=255) aTTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgc < 5:89718/149‑1 (MQ=255) cGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgctg > 1:239348/1‑148 (MQ=255) gTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGa > 2:102862/1‑149 (MQ=255) cTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAg < 6:93675/149‑1 (MQ=255) cTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGAAACCCGCATGAAGGATAAg > 8:30/1‑149 (MQ=25) tGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAg > 8:23974/1‑148 (MQ=255) aCGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAg < 7:23974/146‑1 (MQ=255) aCGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCt < 3:109603/148‑1 (MQ=255) aCGATGA‑GCA‑CCTTCAATCCGAGCTTGCTCGAGTCCGCCTGGAGCTTTTCGGCCATCAGGTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGCGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGTTGCCAGGTTTGACACGCGCCTGCTGGTTCAGCt < 2:150720/148‑1 (MQ=25) tGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTg < 7:200626/149‑1 (MQ=255) cTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCtttt > 2:243649/1‑149 (MQ=255) ttGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTc > 6:44372/1‑149 (MQ=255) gAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATc > 4:259477/1‑124 (MQ=255) gAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATc < 3:259477/124‑1 (MQ=255) gAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 7:103743/1‑148 (MQ=255) cgaaatGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 4:103598/6‑148 (MQ=255) cgaaatGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 4:99635/6‑148 (MQ=255) cgaaatGCTCCAGGCGGACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGATGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 1:198556/6‑149 (MQ=21) tGCTCCAGGCGGACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCa < 2:248807/120‑1 (MQ=255) tGCTCCAGGCGGACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCa > 1:248807/1‑120 (MQ=255) tCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCg > 3:220752/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCg > 4:227051/1‑149 (MQ=255) ccAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgctg < 3:100321/111‑1 (MQ=255) ccAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgctg > 4:100321/1‑111 (MQ=255) aGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACAccc > 6:109054/1‑101 (MQ=255) aGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACAccc < 5:109054/101‑1 (MQ=255) | TAGAGGGTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGC‑GCA‑CCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCA‑TTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCG > NC_002947/1025637‑1025927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |