Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,054,809 | G→A | 8.9% | Y341Y (TAC→TAT) ‡ | PP_0913 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,054,809 | 0 | G | A | 8.9% | 124.8 / 2.6 | 45 | Y341Y (TAC→TAT) ‡ | PP_0913 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/23); new base A (2/2); total (20/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.36e-01 |
CTTTGAGGGCGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCGCCAGCCAGTTCGCCCAGCGA > NC_002947/1054664‑1054955 | cTTTGAGGGCGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTAc > 8:24088/1‑149 (MQ=255) gggCGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGccc < 2:202621/149‑1 (MQ=255) ggCGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGcc > 2:260028/1‑147 (MQ=255) cGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAgg < 5:245409/149‑1 (MQ=255) gTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTCGCTTCCAGCTCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGAGTACACCCGcccggac < 6:92137/149‑5 (MQ=255) cTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACg > 6:176394/1‑149 (MQ=255) gATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGc > 4:62739/1‑149 (MQ=255) aTCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGGGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCg < 8:157157/149‑1 (MQ=255) tCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCg > 7:177649/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTg < 5:176394/149‑1 (MQ=255) cTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGc > 4:87661/1‑149 (MQ=255) gATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGagtag < 3:87661/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGagtagt < 7:24088/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGagtagt < 7:183301/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTagtga < 3:62739/148‑1 (MQ=255) ggCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTagtga < 7:49095/139‑1 (MQ=255) ggCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTagtga > 8:49095/1‑139 (MQ=255) gCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGaa < 3:216980/149‑1 (MQ=255) gaTCGGCTGCCGTGGAAACCTTCGCCACCAGCGACGACACGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGTGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGTATGCCGTTGGCGTCGTAGAAGTTCGAGTAGTCAGTGTTTGCGCTGAAg < 2:150772/148‑1 (MQ=255) ggcCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCtt < 8:177649/149‑1 (MQ=255) cGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGc > 6:66995/1‑148 (MQ=255) gggTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTc < 1:260028/149‑1 (MQ=255) gTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGt < 5:66995/149‑1 (MQ=255) tCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTc > 5:56363/1‑149 (MQ=255) aaCCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCtt > 7:31999/1‑149 (MQ=255) aaCCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCtt > 3:30620/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTcc > 1:101655/1‑149 (MQ=255) gACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGt < 2:101655/149‑1 (MQ=255) acgacAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGa < 4:61090/94‑1 (MQ=255) acgacAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGa > 3:61090/1‑94 (MQ=255) aGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCg > 5:209913/1‑148 (MQ=255) aGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGa < 7:215945/149‑1 (MQ=255) ccGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCAt < 6:56363/149‑1 (MQ=255) ccGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCAt > 1:8759/1‑149 (MQ=255) ggTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATgc < 2:8759/149‑1 (MQ=255) gTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATg < 7:91975/147‑1 (MQ=255) gTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATg > 8:91975/1‑147 (MQ=255) cTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCgc > 3:261524/1‑149 (MQ=255) gTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGc > 7:227562/1‑85 (MQ=255) gTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGc < 8:227562/85‑1 (MQ=255) gTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCgccagc < 4:30620/149‑1 (MQ=255) gTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCgccagc < 8:31999/149‑1 (MQ=255) acctgggcgagTACACCCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCGCCAGCCAGtt > 3:21609/5‑149 (MQ=255) ctgggcgagTACACCCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTg > 4:139524/3‑110 (MQ=255) ctgggcgagTACACCCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTg < 3:139524/108‑1 (MQ=255) tgtACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCGCCAGCCAGTTCGCCCAGCGa > 5:220154/1‑148 (MQ=255) tgtACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCGCCAGCCAGTTCGCCCAGCGa > 4:210833/1‑148 (MQ=255) | CTTTGAGGGCGTGGTCTACGATCACCTGAAGCTTGGCCTCGGTGGCTTCCAGATCGGCCTTGAGGGCTGCATCGGCGGCCGGGTCAACCTTGGCGACCAGCGACGACAGGCTAGGGCCGGTAAGCTTGGTGCCGTCCGGGCGGGTGTACTCGCCCAGGTAGACGTTGCGGATGCCCTTGGCGTCGTAGAAGTGCGAGTAGTGAGTGTTGTCGCTGAAGCAGTCTTGCTCGTCTTCCGGCGAGTTGGCTTCCAGCGAAACTTTCATGCGCTCGCCAGCCAGTTCGCCCAGCGA > NC_002947/1054664‑1054955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |