Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,075,001 | G→A | 8.1% | A60V (GCC→GTC) | gatC ← | aspartyl/glutamyl‑tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,075,001 | 0 | G | A | 8.1% | 140.8 / 2.4 | 49 | A60V (GCC→GTC) | gatC | aspartyl/glutamyl‑tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/25); new base A (2/2); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 |
CATGGCAGGCTCTATCCCTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTCCAC > NC_002947/1074853‑1075137 | cATGGCAGGCTCTATCCCTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTggg > 5:72586/1‑149 (MQ=255) aGGCTCTATCCCTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAggg > 8:151496/1‑149 (MQ=255) ggCTCTATCCCTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAgggg < 8:202895/149‑1 (MQ=255) ccTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGc < 4:79198/148‑1 (MQ=255) ccTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGc > 4:109637/1‑148 (MQ=255) cTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTg < 2:80207/148‑1 (MQ=255) cTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTg > 1:80207/1‑148 (MQ=255) cTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTg < 1:64446/148‑1 (MQ=255) cTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTg < 3:30086/148‑1 (MQ=255) cTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTg > 4:30086/1‑148 (MQ=255) tCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTgg > 7:232676/1‑148 (MQ=255) gATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGAAGCAGGCGCTGGCTGGCCACCAGCTCGTCGGCCAGGGCCTCGATGCCAGTGGTAt > 6:141757/1‑149 (MQ=255) aTGACTTTGGGAACCATGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCt < 6:117483/133‑1 (MQ=255) aTGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCt > 5:117483/1‑133 (MQ=255) cTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATACCACTGGCATCGagc < 5:113336/149‑3 (MQ=255) ggAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCtt < 8:232676/148‑1 (MQ=255) ggAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTg < 7:151496/149‑1 (MQ=255) ccAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGAAGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATc > 4:14939/1‑149 (MQ=255) aGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGAAGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTg < 3:14939/149‑1 (MQ=255) ggTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGa < 8:103577/120‑1 (MQ=255) ggTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGa > 7:103577/1‑120 (MQ=255) ggTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTgg < 8:251428/149‑1 (MQ=255) cAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTTGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGACCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGa > 7:159651/1‑149 (MQ=255) cAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTTGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGACCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGa > 7:163702/1‑149 (MQ=255) cGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAgg < 2:89883/149‑1 (MQ=255) cGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAgg < 4:2638/149‑1 (MQ=255) ggTCGACGGCGCGATGGCCTGGTTGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGACCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCgaga < 8:159651/148‑1 (MQ=255) ggTCGACGGCGCGATGGCCTGGTTGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGACCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCgaga < 8:163702/148‑1 (MQ=255) ggTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGaa < 7:56600/149‑1 (MQ=255) tCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCGTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATg > 6:259503/1‑149 (MQ=255) gACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCt < 3:109637/149‑1 (MQ=255) aTGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGc < 2:188234/149‑1 (MQ=255) ccTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCg > 6:41397/1‑149 (MQ=255) tGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCgg > 1:184669/1‑148 (MQ=255) tCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTgg < 6:111071/149‑1 (MQ=255) gTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGc < 6:72586/149‑1 (MQ=255) gTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGc > 7:60870/1‑149 (MQ=255) tGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAgg < 5:41397/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGcccg > 6:265092/1‑148 (MQ=255) ttGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGcc > 6:226284/1‑147 (MQ=255) ttGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGcc > 8:16261/1‑147 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGc > 4:181439/1‑145 (MQ=255) gCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGa < 3:181439/149‑1 (MQ=255) gctggcCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATc < 1:262629/148‑1 (MQ=255) tggcCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCttt > 7:239853/1‑149 (MQ=255) gcCTCCAGCGGGTGGGCCCGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGGCGCCCAGGCCGAGAAGGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGGGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTc < 5:259503/149‑1 (MQ=255) gcCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGTCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTc < 5:141757/149‑1 (MQ=255) gcCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTc < 5:226284/149‑1 (MQ=255) cTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTCCa > 7:252045/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTCCAc > 8:74212/1‑149 (MQ=255) | CATGGCAGGCTCTATCCCTTACTCGATGACTTTGGGAACCAGGTACAGACCGCTTTCGGTCGACGGCGCGATGGCCTGGTAGGCATCGCGCTGGTTGCTTTCGGTGACTTGGTCAGGACGCAGGCGCTGGCTGGCCTCCAGCGGGTGGGCCAGGGGCTCGATGCCAGTGGTATCGACCGCTTGCATCTGGTCGACCAGGCCGAGAATGCTGTTCAGGGCGTCGGTAATGCGTGGCAGTTCGCCATCATTCAGGCCCAGGCGGGCCAGATGGGCGATCTTTTCCAC > NC_002947/1074853‑1075137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |