Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,096,480 | A→T | 8.2% | L161Q (CTG→CAG) | lptB ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,096,480 | 0 | A | T | 8.2% | 139.3 / 3.2 | 49 | L161Q (CTG→CAG) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/23); new base T (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
AAGCGGTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTC > NC_002947/1096340‑1096613 | aaGCGGTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCATCCTGCTGGac > 2:36406/1‑147 (MQ=255) cGGTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCATCCTGCTGGACGAAc < 6:155065/149‑1 (MQ=255) ggTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCATCCTGCTGGACGAAcc < 1:36406/149‑2 (MQ=255) gTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACtt < 8:68533/149‑1 (MQ=255) gTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACtt > 7:110860/1‑149 (MQ=255) tCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTAGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTTGCCTTGAGGTGGAGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTggg > 1:153020/1‑149 (MQ=255) gCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCcagc < 4:222164/133‑1 (MQ=255) gCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCcagc > 3:222164/1‑133 (MQ=255) cAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCca > 6:180541/1‑130 (MQ=255) cAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCca < 5:180541/130‑1 (MQ=255) cAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGc > 5:225629/1‑147 (MQ=255) ggTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATA‑CTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAgg > 1:131224/1‑123 (MQ=255) ggTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATA‑CTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAgg < 2:131224/123‑1 (MQ=255) cacgcacgTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCcagcag < 8:80366/118‑1 (MQ=255) cacgcacgTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCcagcag > 7:80366/1‑118 (MQ=255) acgcacgTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAgg > 5:246595/1‑142 (MQ=255) acgcacgTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAgg < 6:246595/142‑1 (MQ=255) cacgTTGTGGTCGGTAATCAGAACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGACATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGCGCGCCCTGGCGACCGCac < 6:79471/149‑2 (MQ=255) tgGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAAtt > 8:102336/1‑144 (MQ=255) tgGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAAtt < 7:102336/144‑1 (MQ=255) ggTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACgcggc < 6:225629/149‑1 (MQ=255) aGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGtt < 3:200146/148‑1 (MQ=255) aGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGtt < 2:137615/148‑1 (MQ=255) ggagATATCTTTGGCCTTGAGGTGGTTGATGATCTGCTTGATGTAGCCGACCGAAATCGGGTCGAGACCGGCGAACGGTTCTTCCAGCAGGATGAAGTTGGGTGCGTTCGCCAGGGTGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTcactac < 8:110860/146‑1 (MQ=255) gCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTcaccac < 8:190109/149‑1 (MQ=255) tttGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATATCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGAc < 7:120275/123‑1 (MQ=255) tttGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATATCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGAc > 8:120275/1‑123 (MQ=255) ccTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACACCCAGACAGGCTCATg > 3:64294/1‑149 (MQ=255) ggtggtGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAgg < 6:70971/149‑1 (MQ=255) tggtggATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACgcggcgg > 4:173806/1‑117 (MQ=255) tggtggATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACgcggcgg < 3:173806/117‑1 (MQ=255) gtggATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGTGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGt > 2:129638/1‑149 (MQ=255) tggATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCTCCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTc > 2:93084/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGAtgt > 5:78463/1‑149 (MQ=255) gCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTgg > 2:237498/1‑149 (MQ=255) cTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCg > 6:156847/1‑70 (MQ=255) cTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCg < 5:156847/70‑1 (MQ=255) cTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGTGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGAt < 1:129638/144‑1 (MQ=255) cTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGc > 5:202896/1‑149 (MQ=255) ccgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTcc > 3:235320/1‑149 (MQ=255) cgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCTGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCt > 6:98190/1‑149 (MQ=255) cgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGa > 4:248777/1‑116 (MQ=255) cgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGa < 3:248777/116‑1 (MQ=255) cgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCt > 3:121165/1‑149 (MQ=255) cgaAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCt > 2:32884/1‑149 (MQ=255) aaTCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTgca < 1:237498/149‑1 (MQ=255) gACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCtt < 6:202896/148‑1 (MQ=255) acacCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTc < 1:32884/149‑1 (MQ=255) cacCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTcc < 4:235320/149‑1 (MQ=255) aacCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCATAAAGTCTCATCCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTcc < 2:153020/148‑1 (MQ=255) acCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTc > 5:120784/1‑147 (MQ=255) cGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGc > 8:209411/1‑149 (MQ=255) gCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGctc < 6:78463/149‑1 (MQ=255) gTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCAccacca > 6:614/1‑74 (MQ=255) gTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCAccacca < 5:614/74‑1 (MQ=255) | AAGCGGTTTCGCAGATGTCCAGGGTTTCACGCACGTTGTGGTCGGTAATCAGTACGCCGATACCTTTGGCCTTGAGGTGGTGGATGATCTGCTTGATGTCGCCGACCGAAATCGGGTCGACACCGGCGAACGGTTCGTCCAGCAGGATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTC > NC_002947/1096340‑1096613 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |