Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,273,757 | A→G | 6.9% | I110T (ATC→ACC) | PP_1115 ← | lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,273,757 | 0 | A | G | 6.9% | 170.0 / 2.5 | 58 | I110T (ATC→ACC) | PP_1115 | lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/27); new base G (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 |
TCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGTTGTCGACCCGCAG > NC_002947/1273613‑1273899 | tcACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCtt > 7:219448/1‑149 (MQ=255) tcACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCtt > 6:71213/1‑149 (MQ=255) accacTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGa < 6:81173/149‑1 (MQ=255) cacTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGaaa < 4:87989/149‑1 (MQ=255) cTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGt > 8:177772/1‑149 (MQ=255) gcgAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTgcgc > 4:247541/1‑149 (MQ=255) tgCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATg > 3:148780/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgc > 6:136728/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgcc > 6:183685/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgcc > 8:57950/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgc < 3:247541/148‑1 (MQ=255) cAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTCGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgc < 4:37584/148‑1 (MQ=255) aGGTCCCGCTGGAGGCGCAAGCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTGCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgccc < 8:182169/149‑1 (MQ=255) gTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATgcccgc < 8:219448/149‑1 (MQ=255) ccGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGaaa < 5:238186/127‑1 (MQ=255) ccGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGaaa > 6:238186/1‑127 (MQ=255) ccGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCa > 8:236215/1‑149 (MQ=255) cAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATa < 7:236215/149‑1 (MQ=255) aCCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGc > 8:156577/1‑124 (MQ=255) aCCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGc < 7:156577/124‑1 (MQ=255) cccGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGc < 3:215293/123‑1 (MQ=255) cccGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGc > 4:215293/1‑123 (MQ=255) cccGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGc > 5:245292/1‑149 (MQ=255) cGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTg < 5:183685/149‑1 (MQ=255) gTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGc > 7:86528/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTc < 4:148780/149‑1 (MQ=255) aGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAgg > 1:246649/1‑149 (MQ=255) tAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGt > 3:158689/1‑148 (MQ=255) aGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAg < 7:177772/149‑1 (MQ=255) cttgcttCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTg < 7:57950/149‑1 (MQ=255) ttgcttCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCt > 1:135488/1‑107 (MQ=255) ttgcttCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCt < 2:135488/107‑1 (MQ=255) ttgcttCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTg > 3:16508/1‑148 (MQ=255) cttCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCATGTTCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATa < 3:177812/149‑1 (MQ=255) cagcTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAgg < 4:132232/130‑1 (MQ=255) cagcTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAgg > 3:132232/1‑130 (MQ=255) gcTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTg < 5:71213/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGc < 4:158689/149‑1 (MQ=255) ggCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTAtt < 4:235732/130‑1 (MQ=255) ggCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTAtt > 3:235732/1‑130 (MQ=255) gCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAAt < 5:136728/149‑1 (MQ=255) gTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGaa > 5:112108/1‑148 (MQ=255) ttCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAggcg > 5:255434/1‑149 (MQ=255) aGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGTATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCt > 6:50740/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACGGGCGGCTGTCATTgg < 8:86528/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCAtt < 6:245292/147‑1 (MQ=255) ccACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTgg > 1:141585/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTAATCCTGCCCCAGTAGCAGCTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATCAACAGGCCGCTGTCATTgg > 6:202546/1‑149 (MQ=255) acaGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAAt > 4:260554/1‑127 (MQ=255) acaGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAAt < 3:260554/127‑1 (MQ=255) aGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGTATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGtt < 5:50740/149‑1 (MQ=255) gttggttCGTGCGGTGGTCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTg > 7:79269/1‑75 (MQ=255) gttggttCGTGCGGTGGTCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTg > 7:75478/1‑75 (MQ=255) gttggttCGTGCGGTGGTCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTg < 8:75478/75‑1 (MQ=255) gttggttCGTGCGGTGGTCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTg < 8:79269/75‑1 (MQ=255) gttCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCAGACGCTGTCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATAGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGTTGTCGa < 5:202546/148‑1 (MQ=255) ggTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGTTGTCGACCCGCAg < 6:74465/147‑1 (MQ=255) ggTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGTTGTCGACCCGCAg > 5:74465/1‑147 (MQ=255) | TCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGCGGCTGCTTGCTTCTGAGCAGCTTGGCCAGTGGCTTCAGGTGCTGCCACAGGTTGGTTCGTGCGGTGATCTTGAAAGTGCGCCGTGCATGCCCGCCCACGCTGCGCCATACGCTGGCTTCATCCTGCACCAGTAGCAGGTCATTGAGGCGTATTGCATACGACACGTTGCGAATGAACAGGCGGCTGTCATTGGGGTTGTCGACCCGCAG > NC_002947/1273613‑1273899 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |