Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,403,591 | T→C | 8.7% | intergenic (‑57/+24) | PP_1227 ← / ← PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,403,591 | 0 | T | C | 8.7% | 118.2 / 3.0 | 46 | intergenic (‑57/+24) | PP_1227/PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/19); new base C (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
GGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCG > NC_002947/1403457‑1403735 | ggTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGAGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGAGAAGAGGc > 3:157319/1‑149 (MQ=255) gAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTa < 6:47263/148‑1 (MQ=255) gAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAg < 1:67989/149‑1 (MQ=255) gTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGa > 3:33857/1‑148 (MQ=255) tAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGAaga > 2:150311/1‑125 (MQ=255) tAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCACGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGAaga < 1:150311/125‑1 (MQ=255) aaaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAAc > 4:213136/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGc > 3:227512/1‑149 (MQ=255) cccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTc < 6:52991/149‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTcc < 4:227512/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAgcgc > 2:10042/1‑149 (MQ=255) gTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTATACGCGAAACTGCTcc > 5:6978/1‑137 (MQ=255) gTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGaa < 8:252473/129‑1 (MQ=255) gTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGaa > 7:252473/1‑129 (MQ=255) gTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCctgctgctg > 5:67765/1‑149 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGAcg > 1:8918/1‑119 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGAcg < 2:8918/119‑1 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGc > 2:199788/1‑128 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGc < 1:199788/128‑1 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTgg > 2:52132/1‑149 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGAGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGGTAGACGCGCAACTGCTCCCTAAGCGCCTGCTGCTgg > 4:172770/1‑149 (MQ=39) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTAAGGGCCTATTCGCGGGCGTGCCCGCGAACAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGGGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTgg > 5:164674/1‑149 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTgg < 1:52132/148‑1 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGc > 8:231719/1‑111 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGc < 7:231719/111‑1 (MQ=255) gATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCt < 4:33857/148‑1 (MQ=255) ttAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTgg < 1:20714/149‑1 (MQ=255) ttAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTgg > 1:237913/1‑149 (MQ=255) gCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGa < 6:241221/149‑1 (MQ=255) gTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTATACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCAGCAGCTgg > 3:4787/1‑115 (MQ=255) tCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGAAGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGTCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGAtt > 7:56788/1‑148 (MQ=255) aaGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCAt > 6:268970/1‑149 (MQ=255) aCGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTg < 1:10042/149‑1 (MQ=255) cGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGc > 8:174251/1‑149 (MQ=255) tGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCcca < 3:213136/149‑1 (MQ=255) tgcCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGa < 6:67765/149‑1 (MQ=255) tgcCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGa > 1:117262/1‑149 (MQ=255) gcCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGAt > 2:217429/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCTCTGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTc < 6:164674/149‑1 (MQ=255) gggCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCAc < 2:237913/149‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACg < 1:19527/149‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGAtt < 2:103373/138‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGAtt > 1:103373/1‑138 (MQ=255) tCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGaa > 6:117982/1‑149 (MQ=255) cgGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGc > 4:42311/1‑149 (MQ=255) ggCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACATGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCTATTCATCGGACTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCg < 4:157319/149‑1 (MQ=255) | GGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCT‑GACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCCG > NC_002947/1403457‑1403735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |