| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,513,224 | C→T | 11.7% | intergenic (+157/‑138) | PP_mr18 → / → mraZ | RNaseP_bact_a ncRNA/cell division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,513,224 | 0 | C | T | 11.7% | 79.8 / 3.2 | 34 | intergenic (+157/‑138) | PP_mr18/mraZ | RNaseP_bact_a ncRNA/cell division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/17); new base T (2/2); total (15/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
TTTCCCTGCTTGAATCGATAGCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCTTATGAACGTGCCTTGACGGTGCTGCGGGCGGATTCCTATAGTGTGCGCAAGTGGCAGAAAGTGGGATGAAGTGGGTTTTCTGACA > NC_002947/1513077‑1513347 | tttcCCTGCTTGAATCGATAGCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTccc > 3:14199/1‑149 (MQ=255) tGCTTGAATCGATAGCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCTCttgttg > 6:30081/1‑149 (MQ=255) cTTGAATCGATAGCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTgcg > 6:204549/1‑149 (MQ=255) gCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCTCTTGTTGCGCTAAATCTCgg < 5:30081/148‑1 (MQ=255) gCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCgg < 5:204549/148‑1 (MQ=255) aTCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCttgtt < 2:169978/130‑1 (MQ=255) aTCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCttgtt > 1:169978/1‑130 (MQ=255) tCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGt < 4:220235/149‑1 (MQ=255) tctctGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAg > 1:101781/1‑149 (MQ=255) gTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTaa < 3:12006/142‑1 (MQ=255) gTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTaa > 4:12006/1‑142 (MQ=255) tACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCtt < 4:14199/149‑1 (MQ=255) aCCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCTTa < 6:236951/149‑1 (MQ=255) ccGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCTTAt < 2:101781/149‑1 (MQ=255) cGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCAGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCTTAt > 8:216406/1‑148 (MQ=255) 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TTTCCCTGCTTGAATCGATAGCAGATCCTCTCTGGTAATACCGAAAAAATCTTACTCTTAATAAATTACTTTAACTTCGAACTCCATTCGCTTGCGTGGGTTTGATTTTTCTCGTGTTTTTTTCTCTCTGGCAGTCCTTCCGCATTCCCTTGTTGCGCTAAATCTCGGTCCTGTAAGGCTTTTCCTTATGAACGTGCCTTGACGGTGCTGCGGGCGGATTCCTATAGTGTGCGCAAGTGGCAGAAAGTGGGATGAAGTGGGTTTTCTGACA > NC_002947/1513077‑1513347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |