Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,572,248 | T→C | 13.3% | L124L (TTG→CTG) ‡ | pcaB → | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,572,248 | 0 | T | C | 13.3% | 110.7 / 8.3 | 45 | L124L (TTG→CTG) ‡ | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/21); new base C (3/3); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 |
CAACTCGGCCATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAA > NC_002947/1572103‑1572373 | cAACTCGGCCATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGa < 7:157216/149‑1 (MQ=255) aCTCGGCCATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATc < 4:218902/149‑1 (MQ=255) tCGGCCATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATc > 3:28836/1‑147 (MQ=255) ccATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGcc < 7:38607/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTc > 1:71711/1‑149 (MQ=255) cGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTc > 6:185053/1‑149 (MQ=255) cGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTc > 6:180997/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCg < 4:136813/149‑1 (MQ=255) cTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCgg > 1:135523/1‑149 (MQ=255) gTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAggg > 8:95549/1‑136 (MQ=255) gTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAggg > 8:91708/1‑136 (MQ=255) gTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAggg < 7:95549/137‑2 (MQ=255) gTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAggg < 7:91708/137‑2 (MQ=255) gAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAgg < 6:255496/134‑1 (MQ=255) gAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATCAAATCGAgg > 5:255496/1‑134 (MQ=255) 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gTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGaa < 4:28836/149‑1 (MQ=255) ccAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCa > 4:222637/1‑149 (MQ=255) aGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATa < 7:64450/147‑1 (MQ=255) gcTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGccc > 1:210137/1‑149 (MQ=255) tgtgCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTtgg < 6:69482/149‑1 (MQ=255) tgCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTtggtg > 3:69258/1‑149 (MQ=255) cACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGCAGCACGCCGATACGCCCTTGGTggg > 8:219546/1‑149 (MQ=255) cACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTtggtgg < 3:222637/148‑1 (MQ=255) cACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTggg > 7:107317/1‑149 (MQ=255) cACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTggg < 5:185053/149‑1 (MQ=255) cACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTggg < 5:180997/149‑1 (MQ=255) caccaGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGt > 4:167350/1‑149 (MQ=255) accaGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCATACCTGGtt > 7:104373/1‑149 (MQ=255) cagccagGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGc < 3:167350/149‑1 (MQ=255) agGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAacac > 7:8009/1‑149 (MQ=255) gATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCAccc > 4:237853/1‑149 (MQ=255) gATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCACCCCGGt < 3:237853/149‑1 (MQ=255) ccTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGaaa > 2:131474/1‑133 (MQ=255) ccTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGaaa < 1:131474/133‑1 (MQ=255) | CAACTCGGCCATTCCGCTGGTGAAAGCGTTGGGCAAGGTGATCGCCACCGGCGTGCCAGAGGCTGAGCGCTATGTGCACCTTGGGGCCACCAGCCAGGATGCGATGGATACCGGTCTGGTTCTGCAGCTGCGCGATGCCCTCGATTTGATCGAGGCCGACCTCGGCAAGCTGGCCGATACCCTGTCGCAGCAGGCCTTGAAGCACGCCGATACGCCCTTGGTGGGTCGTACCTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAA > NC_002947/1572103‑1572373 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |