Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,602,824 | T→A | 6.7% | V224D (GTC→GAC) | PP_5469 → | SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,602,824 | 0 | T | A | 6.7% | 176.4 / 2.8 | 60 | V224D (GTC→GAC) | PP_5469 | SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/29); new base A (2/2); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
TCATCGAGGTTTTCGACCACGCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTG > NC_002947/1602677‑1602971 | tCATCGAGGTTTTCGACCACGCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGt > 8:22617/1‑148 (MQ=255) ttttCGACCACGCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTg < 5:129781/149‑1 (MQ=255) aCCACGCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACATGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGCGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGAGgcgcag > 6:190644/1‑147 (MQ=255) gCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCa < 8:160426/149‑1 (MQ=255) ccAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCTCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATg < 6:131226/149‑1 (MQ=255) ccAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATg < 1:164785/149‑1 (MQ=255) ccAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATg < 6:172855/149‑1 (MQ=255) cACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGAc < 8:200600/149‑1 (MQ=255) cACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGAc < 4:153349/149‑1 (MQ=255) cGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTgc < 7:253519/129‑1 (MQ=255) cGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTgc > 8:253519/1‑129 (MQ=255) gACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGTGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAAcg > 3:140727/1‑149 (MQ=255) gACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAAcg > 1:267659/1‑149 (MQ=255) gACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAAcg > 5:207874/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTgc < 6:96331/112‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTgc > 5:96331/1‑112 (MQ=255) gCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGcc > 6:141557/1‑149 (MQ=255) tGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGac < 6:207874/149‑1 (MQ=255) ccGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGaccac > 6:10030/1‑149 (MQ=255) cTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAg > 3:10364/1‑149 (MQ=255) ttcggttcggGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGACACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAgg > 7:64264/1‑149 (MQ=255) ttcggttcggGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGACACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAgg > 7:67949/1‑149 (MQ=255) ttcggGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTgg < 5:141557/149‑1 (MQ=255) ttcggGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTg > 3:64384/1‑148 (MQ=255) ttcggGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTg > 5:268933/1‑148 (MQ=255) gggCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGa < 1:214275/147‑1 (MQ=255) gggCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGa > 2:214275/1‑147 (MQ=255) gggCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAg < 7:224409/148‑1 (MQ=255) aGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAg < 2:267659/149‑1 (MQ=255) ggCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAgtg > 8:179816/1‑149 (MQ=255) ccTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTgtggtg < 5:10030/149‑1 (MQ=255) ccTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTgtggt < 2:263144/148‑1 (MQ=255) cTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCATCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGa < 5:190644/149‑1 (MQ=255) cTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGa > 6:209753/1‑149 (MQ=255) ttttGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGa > 1:245832/1‑114 (MQ=255) ttttGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGa < 2:245832/114‑1 (MQ=255) ttGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTgcg > 6:152381/1‑148 (MQ=255) gcatgACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCgtgg > 8:233305/1‑149 (MQ=255) gACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCa > 5:175958/1‑139 (MQ=255) gACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCa < 6:175958/139‑1 (MQ=255) ccTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAg < 5:152381/148‑1 (MQ=255) ccTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGACACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAg < 8:67949/148‑1 (MQ=255) ccTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGACACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAg < 8:64264/148‑1 (MQ=255) gcAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATc > 7:29825/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGa > 7:253267/1‑140 (MQ=255) aaCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGa < 8:253267/140‑1 (MQ=255) aaCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATc > 7:134505/1‑147 (MQ=255) aCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAg > 7:22152/1‑149 (MQ=255) aCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAg < 4:64384/149‑1 (MQ=255) aCAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAg < 4:10364/149‑1 (MQ=255) cAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAgg < 7:233305/149‑1 (MQ=255) cAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAgg > 6:49903/1‑149 (MQ=255) gggCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGtgatg > 8:10174/1‑148 (MQ=255) gggCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGtgatg < 5:209753/148‑1 (MQ=255) ccGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGc > 5:133981/1‑132 (MQ=255) cgACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCt < 7:10174/149‑1 (MQ=255) gACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCtt < 6:268933/149‑1 (MQ=255) gCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGAGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCATTGCa > 7:168243/1‑149 (MQ=255) cacaGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCAt < 7:22617/149‑1 (MQ=255) cacaGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCAt < 7:179816/149‑1 (MQ=255) gTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCtg > 5:122756/1‑149 (MQ=255) | TCATCGAGGTTTTCGACCACGCCCTGGCCAATGCACCGGTGTCGACGGAACAGGCGCTGCGGGTGGCCGACTTCGGTTCGGGCAAGGGCTACCTGACTTTTGCCATGCATGACTACCTGCGCAACAGTTTGGGCCGCGACGCACAGGTCACCGGCGTGGAGCTGCGCCAGGACATGGTCGACCTGTGCAACGCCGCGGCCGCACGCCTCGACCACCCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTG > NC_002947/1602677‑1602971 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |