Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,736,598 | A→C | 9.7% | intergenic (‑75/+7) | csdA ← / ← dapD | cysteine desulfurase/2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,736,598 | 0 | A | C | 9.7% | 171.4 / 7.0 | 60 | intergenic (‑75/+7) | csdA/dapD | cysteine desulfurase/2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/22); new base C (3/3); total (35/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
GTCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCAC > NC_002947/1736456‑1736736 | gTCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTtc > 2:258350/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTtct > 7:52861/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTtct > 5:67387/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTtct > 5:197261/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTtc > 1:214120/1‑148 (MQ=255) gTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCTGCCGGGtttgag < 3:118237/147‑5 (MQ=255) tgctgcCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGtt < 1:258350/149‑1 (MQ=255) gcCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGa < 4:28233/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACTTGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTg > 7:250280/1‑147 (MQ=255) aGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCTGCCGGGtttgag > 8:67307/1‑130 (MQ=255) aGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCTGCCGGGtttgag < 7:67307/134‑5 (MQ=255) aGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAg > 5:95593/1‑149 (MQ=255) aTGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGtt < 6:95593/149‑1 (MQ=255) gCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCTGCCGGGtttgag < 2:35278/122‑5 (MQ=255) gCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCTGCCGGGtttgag > 1:35278/1‑118 (MQ=255) tCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGc < 3:252386/149‑1 (MQ=255) ggCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGcc > 7:159587/1‑148 (MQ=255) cACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGAc < 8:52861/149‑1 (MQ=255) cGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACtt > 5:75562/1‑149 (MQ=255) aGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTgg < 6:67387/149‑1 (MQ=255) gagaGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACAGCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTc > 1:86265/1‑149 (MQ=255) gagaGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTc < 6:197261/149‑1 (MQ=255) gAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTc < 2:214120/147‑1 (MQ=255) gAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTa < 2:227278/149‑1 (MQ=255) gAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTa > 1:130635/1‑149 (MQ=255) tttGCGAGGCCTGGAATGAAAAGCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATATTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTAAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGcc > 7:168132/1‑149 (MQ=255) cGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGtt < 2:86265/148‑1 (MQ=255) gAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCa < 8:159587/149‑1 (MQ=255) tGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGt > 4:237313/1‑149 (MQ=255) tGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGt > 3:92761/1‑149 (MQ=255) gAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTg > 6:238465/1‑149 (MQ=255) gAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGc > 6:268886/1‑75 (MQ=255) gAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGc < 5:268886/75‑1 (MQ=255) gAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTgcggc > 4:229947/1‑149 (MQ=255) aaaaTCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCa > 7:73580/1‑136 (MQ=255) aaaaTCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCa < 8:73580/136‑1 (MQ=255) gggTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAAcag < 7:6389/149‑1 (MQ=255) tCTGGTGCATCGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAAcagcag > 6:230359/1‑149 (MQ=255) gTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAggtcg > 4:93669/1‑149 (MQ=255) gTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAggt < 8:250280/147‑1 (MQ=255) gcgcCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTggcc > 4:244520/1‑149 (MQ=255) cgcCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACGCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGCCTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTggccg > 1:150150/1‑149 (MQ=255) cgcCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTggccg < 8:168132/149‑1 (MQ=255) gcCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAggtcggt < 4:49361/141‑1 (MQ=255) gcCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAggtcggt > 3:49361/1‑141 (MQ=255) aGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCa < 3:229947/149‑1 (MQ=255) aCCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAgg > 6:105380/1‑149 (MQ=255) cGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTcg > 6:113506/1‑149 (MQ=255) aaCACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTcgc < 5:238465/143‑1 (MQ=255) aaCACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCgg < 6:75562/145‑1 (MQ=255) acacCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTggccggc > 1:9071/1‑134 (MQ=255) acacCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTggccggc < 2:9071/134‑1 (MQ=255) actgagaaCCCTGCCGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGa > 2:11646/7‑149 (MQ=255) acCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGa > 6:245440/1‑149 (MQ=255) cTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGAc > 2:34014/1‑148 (MQ=255) tCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTTCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCCGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCa > 8:197597/1‑149 (MQ=255) tCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCa > 6:158586/1‑149 (MQ=255) cAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGCTCGCGGGCCTTGACCAc > 4:48885/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGc > 6:224155/1‑92 (MQ=255) aaaCCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGc < 5:224155/92‑1 (MQ=255) | GTCTGGTGCTGCCGTTGCAGGGCGGCGATGGCGGGGAAGTCGGCACGCCAGGGAGAGGGCTGGAACATGTTTGCGAGGCCTGGAATGAAAATCGGGTCTGGTGCATTGGCGCCAGACCCGATCTTAACACCTCAAACCCGGCAGGGTTCTCAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCAC > NC_002947/1736456‑1736736 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |