| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,774,627 | T→G | 10.0% | S604A (TCC→GCC) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,774,627 | 0 | T | G | 10.0% | 137.5 / 8.3 | 50 | S604A (TCC→GCC) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/22); new base G (2/3); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
CTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGG > NC_002947/1774485‑1774774 | cTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACt < 4:77761/143‑1 (MQ=255)cTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACt > 3:77761/1‑143 (MQ=255) gcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACGGAGTTGGGc < 8:112975/149‑1 (MQ=255) cgGATCTGGCTTGGCAGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACGGAGTTGGGct < 7:127399/149‑2 (MQ=255) ggATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCaa < 4:180657/149‑1 (MQ=255) gCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTc < 3:181707/145‑1 (MQ=255) cGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAt > 7:126085/1‑149 (MQ=255) cGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCg < 8:242666/149‑1 (MQ=255) ggTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg < 7:203805/149‑1 (MQ=255) tCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGACAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCAATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAATGAGAACTTCcgg > 5:41621/1‑148 (MQ=255) cTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGa > 1:258493/1‑149 (MQ=255) aTCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGt < 1:192724/148‑1 (MQ=255) ctgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg > 8:191210/1‑135 (MQ=255) ctgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg < 7:191210/135‑1 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGc < 6:93672/106‑1 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGc > 5:93672/1‑106 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGAt > 6:160011/1‑149 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTggg > 7:140847/1‑103 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTggg < 8:140847/103‑1 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGtt < 8:126085/144‑1 (MQ=255) acGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATcgcg > 4:185808/1‑149 (MQ=255) 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gCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTc > 8:99825/1‑64 (MQ=255) gCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCag > 7:150622/1‑148 (MQ=255) acaAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTc > 8:59094/1‑149 (MQ=255) caAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGc > 4:202961/1‑113 (MQ=255) caAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGc < 3:202961/113‑1 (MQ=255) tggtgCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGcc < 1:201581/149‑1 (MQ=255) 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ccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtg < 8:150622/149‑1 (MQ=255) cAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt > 8:69176/1‑149 (MQ=255) cAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt < 7:69176/149‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt > 8:120305/1‑148 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt < 7:120305/148‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc > 3:43303/1‑149 (MQ=255) cTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCgg > 8:54647/1‑149 (MQ=255) | CTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGG > NC_002947/1774485‑1774774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |