Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,774,628 | C→G | 10.0% | S604C (TCC→TGC) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,774,628 | 0 | C | G | 10.0% | 136.5 / 7.1 | 50 | S604C (TCC→TGC) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base G (2/3); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 |
GCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGG > NC_002947/1774488‑1774774 | gcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACGGAGTTGGGc < 8:112975/149‑1 (MQ=255) cgGATCTGGCTTGGCAGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACGGAGTTGGGct < 7:127399/149‑2 (MQ=255) ggATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCaa < 4:180657/149‑1 (MQ=255) gCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTc < 3:181707/145‑1 (MQ=255) cGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAt > 7:126085/1‑149 (MQ=255) cGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCg < 8:242666/149‑1 (MQ=255) ggTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg < 7:203805/149‑1 (MQ=255) tCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGACAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCAATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAATGAGAACTTCcgg > 5:41621/1‑148 (MQ=255) cTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGa > 1:258493/1‑149 (MQ=255) aTCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGt < 1:192724/148‑1 (MQ=255) ctgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg < 7:191210/135‑1 (MQ=255) ctgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCgg > 8:191210/1‑135 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGc > 5:93672/1‑106 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGc < 6:93672/106‑1 (MQ=255) tgctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGAt > 6:160011/1‑149 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTggg < 8:140847/103‑1 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTggg > 7:140847/1‑103 (MQ=255) ctgGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGtt < 8:126085/144‑1 (MQ=255) acGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATcgcg > 4:185808/1‑149 (MQ=255) tatCGAGAGGAAAACCCTCACTCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATg < 6:19510/149‑1 (MQ=255) tCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGa < 2:258493/148‑1 (MQ=255) 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3:51064/147‑1 (MQ=255) tATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCATCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGAt > 4:261749/1‑148 (MQ=255) cGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCg < 3:185808/148‑1 (MQ=255) aCCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCAtt > 2:201581/1‑147 (MQ=255) gCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTc > 8:99825/1‑64 (MQ=255) gCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTc < 7:99825/64‑1 (MQ=255) gCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCag > 7:150622/1‑148 (MQ=255) 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gCCCAACGGAGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGc < 1:222737/125‑1 (MQ=255) ccAACTCCTTTGTGCAATTCACTTACCCGATTTTTACCTTCGGGGTCTATGTGTTTTTCTTCATAGTTTATTATAACTAACTGATCGCGAATCGGCTGATTCTCACTTCCAGTGTCTTTTATCTTCAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgt < 7:40291/148‑1 (MQ=255) ccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGt < 4:104125/133‑1 (MQ=255) ccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGt > 3:104125/1‑133 (MQ=255) ccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtg < 8:150622/149‑1 (MQ=255) cAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt < 7:69176/149‑1 (MQ=255) cAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt > 8:69176/1‑149 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt > 8:120305/1‑148 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgtgt < 7:120305/148‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc > 3:43303/1‑149 (MQ=255) cTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCgg > 8:54647/1‑149 (MQ=255) | GCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGG > NC_002947/1774488‑1774774 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |