Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,789,832 | A→T | 9.7% | S184C (AGC→TGC) | cdsA → | CTP:phosphatidate cytidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,789,832 | 0 | A | T | 9.7% | 107.6 / 3.2 | 41 | S184C (AGC→TGC) | cdsA | CTP:phosphatidate cytidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/20); new base T (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
GCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGTGACCTGACCGAGAGCATGTTCAAGCGTCGCTCC > NC_002947/1789690‑1789972 | gCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCt < 1:99900/147‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGt < 5:195221/149‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGt < 2:44521/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGtt < 4:205793/149‑1 (MQ=255) gTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGTAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTAccc > 5:124165/1‑149 (MQ=255) gTCGGGCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTAccc < 8:54444/149‑1 (MQ=255) tCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTAcc < 1:220470/147‑1 (MQ=255) ggTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTgg < 7:67001/149‑1 (MQ=255) tgGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCcg > 8:71463/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCcgc > 6:58978/1‑148 (MQ=255) ccgACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAg > 8:213620/1‑109 (MQ=255) gACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTgggg < 2:65679/149‑1 (MQ=255) cATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCt > 2:75918/1‑149 (MQ=255) tggTGCGTAGTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGGTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTg < 1:235878/148‑1 (MQ=255) gTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGCCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTg > 2:235878/1‑147 (MQ=255) gTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGt > 7:59028/1‑145 (MQ=255) gTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGt > 3:136850/1‑145 (MQ=255) tGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCctgc < 4:136850/146‑1 (MQ=255) ggCCGGGCTTTATGTAAGCGCAAGCTTGCTCCTCAGTTCAGCACAGGCTAGAGCTGTGAAGGCGTTTACGGTGTTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGTTTGTCGGAATCAGCCTAGACTGGGGATTTGGTCATATCCTGCTgg < 6:124165/148‑1 (MQ=255) gCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGc > 5:218141/1‑149 (MQ=255) gggCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTg > 2:252339/1‑149 (MQ=255) gCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGtt < 7:71463/149‑1 (MQ=255) aTTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTgg < 5:58978/149‑1 (MQ=255) ttCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCGGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTggg > 5:160213/1‑149 (MQ=255) gcgcaagcTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGt < 2:130928/118‑1 (MQ=255) gcgcaagcTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGt > 1:130928/1‑118 (MQ=255) cgcaagcTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGtt < 8:59028/149‑1 (MQ=255) gcTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTgg < 6:218141/149‑1 (MQ=255) tCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGt > 3:1657/1‑149 (MQ=255) cAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGt < 8:17249/149‑1 (MQ=255) gCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGGATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGtgac > 5:38217/1‑149 (MQ=255) gCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGtgac < 1:75918/149‑1 (MQ=255) gggtgtACGGTGGTCTGGCGTTCAGCCTGTTGATTACGCTGGGTGTCGGCTTCAGGCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATGCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGTTGATGTCCTCGGTGGTCGGTGACCTGACCGAGAGCAt < 4:1657/146‑1 (MQ=255) aCGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGTGACCTGACCGAGAGCATGTTCAAg > 1:31445/1‑149 (MQ=255) cGGTGGTCTGGCGGTCTGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCgg > 7:192869/1‑123 (MQ=255) cGGTGGTCTGGCGGTCTGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCgg > 7:196460/1‑123 (MQ=255) cGGTGGTCTGGCGGTCTGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCgg < 8:192869/123‑1 (MQ=255) cGGTGGTCTGGCGGTCTGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCgg < 8:196460/123‑1 (MQ=255) tGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGTGACCTGACCGAGAGCATGTTCAAGCGTCGCTcc > 4:149158/1‑149 (MQ=255) gCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTcc < 1:241870/102‑1 (MQ=255) gCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTcc > 2:241870/1‑102 (MQ=255) | GCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTCTCTGGCCGGGCATTCGGCAAGCGCAAGCTGGCTCCGCAGGTCAGCCCAGGCAAGAGCTGGGAAGGCGTGTACGGTGGTCTGGCGGTCAGCCTGTTGATTACCCTGGGTGTCGGCATCAGCCGCGACTGGGGCTTTGGTCAGATCCTGCTGGGCCTGTTGGGCGCTGCGTTGCTGGTGATGTCCTCGGTGGTCGGTGACCTGACCGAGAGCATGTTCAAGCGTCGCTCC > NC_002947/1789690‑1789972 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |