Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,792,321 | G→A | 8.7% | G324D (GGC→GAC) | rseP → | regulatory intramembrane protein RIP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,792,321 | 0 | G | A | 8.7% | 128.9 / 2.6 | 46 | G324D (GGC→GAC) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/24); new base A (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 |
CGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTAAAGTGGCG > NC_002947/1792179‑1792460 | cGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCt > 6:258484/1‑149 (MQ=255) gcgcGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCgg < 2:195779/149‑1 (MQ=255) cgACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCggtgg < 1:181306/149‑1 (MQ=255) cgcTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTgaga < 1:186777/149‑1 (MQ=255) cgcTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTgaga < 6:109438/149‑1 (MQ=255) gcTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGagag < 2:22933/149‑1 (MQ=255) tGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCt > 3:1315/1‑149 (MQ=255) ccTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGt > 5:219850/1‑149 (MQ=255) ggAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcgc > 2:33854/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGt < 6:122433/149‑1 (MQ=255) ccGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCggtgg < 2:49462/127‑1 (MQ=255) gTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGa‑a > 5:240107/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATg < 5:258484/149‑1 (MQ=255) aaGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTgaga < 1:175839/115‑1 (MQ=255) aaGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTgaga > 2:175839/1‑115 (MQ=255) ggggAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATACTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCt > 2:3187/1‑149 (MQ=255) cAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATACTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGACACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCg < 1:3187/149‑1 (MQ=255) gTCGCTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACCGCCCGCTCGAAGCGGAGGGTGAGAGCTAGTCGAGTACCTGGA‑ACAAGAGCGTCCTGACCCTTCAATCCCTgaaga > 4:33320/1‑148 (MQ=255) gTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTc > 6:145468/1‑122 (MQ=255) gTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTc < 5:145468/122‑1 (MQ=255) gTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATg < 6:240107/149‑1 (MQ=255) ggCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCt > 5:220282/1‑149 (MQ=255) tATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTc > 3:179142/1‑95 (MQ=255) tATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTc < 4:179142/95‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTAggg > 7:126465/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCgggg < 4:1315/148‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCgggg < 7:207155/148‑1 (MQ=255) tgtCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCgg < 6:219850/149‑1 (MQ=255) tCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGt > 4:256636/1‑148 (MQ=255) tCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTa < 3:256636/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCt < 8:163112/115‑1 (MQ=255) aaGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCt > 7:163112/1‑115 (MQ=255) aaGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTaaaa < 3:33320/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGt < 4:30011/146‑1 (MQ=255) ggCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGt > 3:30011/1‑146 (MQ=255) cTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGACCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGTAGCTCTCGGTAAAAAACTTGa < 4:263208/141‑1 (MQ=255) cTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGACCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGa < 4:259177/141‑1 (MQ=255) cTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGACCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGa > 3:263208/1‑141 (MQ=255) cTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGACCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGa > 3:259177/1‑141 (MQ=255) cTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGTAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTg < 1:33854/148‑1 (MQ=255) cgcgAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATg < 5:134429/96‑1 (MQ=255) cgcgAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATg > 6:134429/1‑96 (MQ=255) gcgAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTaaa < 8:126465/149‑1 (MQ=255) aaaTCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTTGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTAAAGTg < 4:230580/149‑1 (MQ=255) tCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTAAAGTggcg > 6:170157/1‑149 (MQ=255) tCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTAAAGTggcg > 1:170505/1‑149 (MQ=255) | CGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTGCCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA‑ACATGAGCGTCCTGACCCTTGAATCGCTGAAGAAAATGCTGTTCGGGGAGCTCTCGGTAAAAAACTTGAGTGGACCGATAACCATTGCTAAAGTGGCG > NC_002947/1792179‑1792460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |