Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,914,239 | G→C | 9.3% | P202P (CCG→CCC) ‡ | pcaQ → | transcriptional regulator PcaQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,914,239 | 0 | G | C | 9.3% | 127.0 / 4.9 | 43 | P202P (CCG→CCC) ‡ | pcaQ | transcriptional regulator PcaQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/21); new base C (2/2); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
CCGACAGCCCACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGGCGCCGCGTGA > NC_002947/1914094‑1914385 | ccGACAGCCCACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCgccggcc < 1:228133/149‑1 (MQ=255) ccGACAGCCCACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCgccggcc > 3:69777/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCcggccggc < 6:100192/149‑1 (MQ=255) cccACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGTCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGcacca > 1:185873/1‑149 (MQ=255) cccACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGcacca > 5:128507/1‑149 (MQ=255) acaGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACCGCGAGTCGATGCGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCACCACGCCCGTGGAGCTAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCAccacca < 7:223215/149‑1 (MQ=255) tCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGt < 4:69777/149‑1 (MQ=255) gTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGa > 6:115042/1‑147 (MQ=255) gTTCGAGCAACTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACa > 2:241617/1‑149 (MQ=255) cGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGc < 1:241617/148‑1 (MQ=255) tACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGTCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGc < 2:185873/148‑1 (MQ=255) caccGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTtgt < 2:44993/141‑1 (MQ=255) cAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTtgt > 1:44993/1‑144 (MQ=255) cAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCaa < 4:96083/148‑1 (MQ=255) cAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAAt > 8:104585/1‑149 (MQ=255) gAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCg < 7:53595/148‑1 (MQ=255) aGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCgg > 1:246081/1‑148 (MQ=255) cGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATc < 6:105136/149‑1 (MQ=255) aTGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATcc < 1:145648/109‑1 (MQ=255) aTGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCAGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTCGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATcc > 2:145648/1‑109 (MQ=255) cTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGTGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGcc < 6:128507/149‑1 (MQ=255) gtggtgCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCgg < 5:276455/148‑1 (MQ=255) gtgCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGAGAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGCTGCCGGcc > 7:105990/1‑147 (MQ=255) gtgCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCa < 2:246081/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAAcc < 5:115042/149‑1 (MQ=255) tgctgGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCg > 6:135934/1‑149 (MQ=255) gCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTgg < 7:104585/148‑1 (MQ=255) ccAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGcc < 5:135934/149‑1 (MQ=255) cAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGccc > 7:201860/1‑149 (MQ=255) cAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCATCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCgg < 4:66004/119‑1 (MQ=255) cAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCATCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCgg > 3:66004/1‑119 (MQ=255) aGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCt > 3:90570/1‑149 (MQ=255) cGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGgc < 4:90570/149‑1 (MQ=255) gAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCATGGAAACCCTGTCGCTGGcc > 5:252021/1‑131 (MQ=255) gAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCATGGAAACCCTGTCGCTGGcc < 6:252021/131‑1 (MQ=255) gTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATACGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCATGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCAGCTGGGTAg > 6:229833/1‑149 (MQ=255) ccGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGc < 8:169635/117‑1 (MQ=255) ccGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCtgtg < 8:201860/149‑1 (MQ=255) ccGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGCCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGc > 7:169635/1‑117 (MQ=255) gCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATg > 2:237570/1‑140 (MQ=255) gCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATg < 1:237570/140‑1 (MQ=255) atggtggtgCCGGCCGGCGGCAGCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAg < 4:72607/131‑1 (MQ=255) atggtggtgCCGGCCGGCGGCAGCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAg > 3:72607/4‑134 (MQ=255) ggtggtgCCGGCCGGCGGCAGCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCt > 6:129775/2‑96 (MQ=255) ggtggtgCCGGCCGGCGGCAGCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCt < 5:129775/95‑1 (MQ=255) gtgCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGgc > 4:166517/1‑149 (MQ=255) gccggccgGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGGCGCCGCGt > 6:275569/1‑148 (MQ=255) gccggccgGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGGCGCCGCGt > 1:158413/1‑148 (MQ=255) ccggccggCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGATACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGGCGCCGCGTGa > 6:3200/1‑149 (MQ=255) | CCGACAGCCCACAGATCCAGGGCCTGTCGTTCGAGCACCTGTACAGCGAGTCGATGAGCCTGGTGGTGCGCCCGGGTCACCCGCTGCTGGCCAGCACGCCCGTGGAGCGAGGACAGGTGGGGCGTTACCCGCTTGTGCTGCCGCCGGCCGGCACCACCATCCGTCAGCATGCCGACAGCCTGTTTGTGCAATGCGGCATCCAGATGCCGGCCCAGCGCCTGGAAACCCTGTCGCTGGCCCTGAGCCGGCGCTACCTGCTGGGTAGCGATGGCCTGTGGGTGGCGCCGCGTGA > NC_002947/1914094‑1914385 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |