Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,921,550 | T→A | 21.0% | intergenic (+25/+36) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,921,550 | 0 | T | A | 21.0% | 72.8 / 16.0 | 43 | intergenic (+25/+36) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/22); new base A (5/4); total (17/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
GGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921404‑1921698 | ggTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTAc < 1:184757/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGTTACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATTGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:82796/149‑1 (MQ=255) gccgcAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGaa < 1:72406/149‑1 (MQ=255) acCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCGGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGccc < 6:243384/149‑1 (MQ=255) cTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCa > 4:240089/1‑148 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc < 2:188028/149‑1 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCACGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTc < 7:6447/149‑1 (MQ=255) aGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTca < 1:172394/149‑1 (MQ=255) gTTTGCCCTGGCGGCGTAGGCCGCGCTGTAGACCACCCAGGTTTCGGGCAAGCTGGTGATGGTTATCGACCCTAGCCTGGTGTATGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTca < 4:180262/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCGTAGCTGTAGACCAACCTGGTGTCGGGCAAGGTGGTTATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTACGGGGGGCTGGCCCTTTCGCGGTTTTACCCGCTAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTca < 8:161028/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTcag < 6:206193/149‑1 (MQ=255) tGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTCGTGTAAGCGGTGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACACGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAAACTTcaccc > 8:124923/1‑145 (MQ=255) gcggcgTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGcac > 3:73379/1‑120 (MQ=255) gcggcgTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGCGGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCa < 2:63232/149‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCa < 7:133872/149‑1 (MQ=255) cGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCAc < 6:266323/149‑1 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGa > 7:153714/1‑149 (MQ=255) gagaCCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGa > 7:149751/1‑149 (MQ=255) aaccaGGTGTCGGGCAAGCTTGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGTTTTACCGGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCATAGTCGGCGACCCATTGATCTCgg < 5:201487/149‑1 (MQ=255) 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ggCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaac > 4:62460/1‑146 (MQ=255) ggCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaac < 3:62460/146‑1 (MQ=255) gCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCAGTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACCCTGCGTCCGGGTTCCCCACATGCGGGTGATCCCCTCTccacaac > 3:245209/1‑148 (MQ=255) gCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaacaac > 2:100126/1‑148 (MQ=255) cccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg < 3:237450/112‑1 (MQ=255) cccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCgg > 4:237450/1‑112 (MQ=255) ccTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg < 7:71145/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACt < 3:67058/102‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACt > 4:67058/1‑102 (MQ=255) ttCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 4:116366/1‑148 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCTGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 2:206098/1‑148 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaa < 7:136316/139‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTcaa > 8:136316/1‑139 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 2:3674/1‑148 (MQ=255) tACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTcc > 7:101601/1‑149 (MQ=255) | GGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921404‑1921698 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |