Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,953,927 | C→T | 11.4% | A84V (GCC→GTC) | PP_1752 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,953,927 | 0 | C | T | 11.4% | 86.7 / 3.0 | 35 | A84V (GCC→GTC) | PP_1752 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/17); new base T (2/2); total (16/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.19e-01 |
AAGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCAAGGATGCCGTGCTCGATCAGGCCATTACCGGTG > NC_002947/1953779‑1954073 | aaGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGgc > 8:38241/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGgc > 6:235320/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGgc > 7:226824/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGgc > 3:176134/1‑149 (MQ=255) gcgcGTTTTCCGTTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGgcccgcccgcc < 4:176134/149‑1 (MQ=255) gTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCcgcccgcccgcc > 7:159815/1‑149 (MQ=255) ttCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTgg > 8:5363/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGgc < 7:38241/148‑1 (MQ=255) tCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTg < 8:159815/149‑1 (MQ=255) cATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCTGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGccc > 4:218907/1‑148 (MQ=255) ttGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAg < 7:191853/149‑1 (MQ=255) ggCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGCCCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGc > 2:221970/1‑148 (MQ=255) gTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCTGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTc < 3:218907/149‑1 (MQ=255) aCGGTAAAACTTCTCAAAGAGTGGATGGACCCGCTCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCgg < 2:16742/111‑1 (MQ=255) aCGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTgg < 5:235320/149‑1 (MQ=255) tAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAAc > 3:213130/1‑149 (MQ=255) aaaCTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACt < 4:213130/148‑1 (MQ=255) cTCAACGATTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCATCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCTAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACa < 2:49339/148‑1 (MQ=255) aCGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGAACAGc > 5:84446/1‑146 (MQ=255) atggaCCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGTCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGAtgctg > 2:58816/1‑147 (MQ=255) atggaCCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGTCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGAtgctg > 6:222277/1‑147 (MQ=255) atggaCCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGAtgctg > 8:136482/1‑147 (MQ=255) tggaCCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAg < 7:136482/149‑1 (MQ=255) ccGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCg > 7:103840/1‑149 (MQ=255) ccGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGGTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCg > 2:244136/1‑149 (MQ=255) cATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGTCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGc < 5:222277/149‑1 (MQ=255) cATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGTCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGc < 1:58816/149‑1 (MQ=255) aTCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCgg > 8:247990/1‑141 (MQ=255) aTCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCgg < 7:247990/141‑1 (MQ=255) gATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACggg < 6:226929/147‑1 (MQ=255) gATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACggg > 5:226929/1‑147 (MQ=255) cTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCaa < 1:244136/149‑1 (MQ=255) cTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCaa < 7:5363/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCaa < 6:274594/138‑1 (MQ=255) ccAGCAGACAGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCaa > 5:274594/1‑138 (MQ=255) agcagACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCAAGGATGCCGTGCTc < 6:84446/149‑1 (MQ=255) cgacgaAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGG‑GTTCAAGGATGCCGTGCGCGATCAGGc > 1:53422/1‑149 (MQ=255) cgaAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACgg > 2:7643/1‑117 (MQ=255) cgaAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACgg < 1:7643/117‑1 (MQ=255) tGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCAC‑GGGTGTTCAAGGATGCCGTGCTCGATCAGGCCATTACCGGTg < 2:53422/149‑1 (MQ=255) | AAGCAGCAGGCGCGTTTTCCGGTGATCGTGCTGATCAACGGCATTGAAGGCGCCGGCAAGGGTGAGACGGTAAAACTGCTCAACGAGTGGATGGACCCGCGCATGATCGATGTGCTCACCTTCGACCAGCAGACCGACGAAGAGCTGGCCCGCCCGCCCGCCTGGCGCTATTGGCGGGCCTTGCCGCCCAAGGGGCGAATGGGCGTTTTCTTTGGCAACTGGTACAGCCAGATGCTGCAGGGGCGGGTGCACGGGGTGTTCAAGGATGCCGTGCTCGATCAGGCCATTACCGGTG > NC_002947/1953779‑1954073 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |