Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,963,794 | A→C | 13.3% | A2A (GCA→GCC) | yegE → | phosphodiesterase domain‑containing diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,963,794 | 0 | A | C | 13.3% | 117.5 / 11.5 | 45 | A2A (GCA→GCC) | yegE | phosphodiesterase domain‑containing diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/21); new base C (3/3); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 |
AGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCA > NC_002947/1963647‑1963934 | aGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCa > 5:210571/1‑148 (MQ=255) gggCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATg < 6:129909/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGcc < 6:252153/149‑1 (MQ=255) gCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTAc > 8:219598/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACg < 7:219598/148‑1 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGc > 6:51554/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGc < 3:103733/149‑1 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGc > 3:251899/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACGGGCGTAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCt < 7:144391/149‑1 (MQ=255) acacGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCt > 6:162028/1‑149 (MQ=255) gggCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTc > 5:41139/1‑149 (MQ=255) tggcttCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTTAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATTTCCTACTTTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTa < 7:41309/144‑1 (MQ=38) ccATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACTCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTAc < 6:210571/148‑1 (MQ=255) ggTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGct < 5:51554/149‑1 (MQ=255) ttcttcGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgtggagg < 1:258874/116‑5 (MQ=37) ttcttcGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgtggagg > 2:258874/1‑112 (MQ=37) cttcGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGa < 2:129853/147‑1 (MQ=255) ttcGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAg > 5:114514/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACa < 4:251899/146‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTTTTAATTTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTcc < 1:225079/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGaa < 7:45981/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGCCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATg > 8:45981/1‑146 (MQ=255) cGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAgg < 5:162028/149‑1 (MQ=255) tCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGa > 8:12564/1‑148 (MQ=255) tCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGa > 8:37541/1‑148 (MQ=255) ccTACAATAGCCAGCGCATACTCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTAAGCCTTATATGCTATGTGACAGGGACTCCATGAAg > 6:148078/1‑144 (MQ=255) ccTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAg < 5:148078/144‑1 (MQ=255) cTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACAt < 6:41139/149‑1 (MQ=255) tACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgtggag > 1:132813/1‑89 (MQ=25) tACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgtggag < 2:132813/92‑4 (MQ=25) aTACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAgcgc > 6:141367/1‑149 (MQ=255) tACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGaa < 2:27458/118‑1 (MQ=255) tACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGaa > 1:27458/1‑118 (MQ=255) aaTTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCg < 5:141367/149‑1 (MQ=255) tCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCATACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCa > 7:114491/1‑149 (MQ=255) ccGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCa > 3:146438/1‑149 (MQ=255) aTTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCt > 4:18199/1‑149 (MQ=255) 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cTCCAAATCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGTTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTgg < 8:114491/149‑1 (MQ=255) gcacaGCGTAGGCCATTTGCCATCGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGc > 7:8609/2‑129 (MQ=255) gcacaGCGTAGGCCATTTGCCATCGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGc < 8:8609/128‑1 (MQ=255) gCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCa < 7:235269/149‑1 (MQ=255) aaaTGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCtt > 6:139115/1‑119 (MQ=255) aaaTGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCtt < 5:139115/119‑1 (MQ=255) | AGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCA > NC_002947/1963647‑1963934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |