Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,010,130 | G→A | 8.1% | A435V (GCG→GTG) | PP_1792 ← | group 2 family glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,010,130 | 0 | G | A | 8.1% | 139.5 / 2.6 | 49 | A435V (GCG→GTG) | PP_1792 | group 2 family glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/23); new base A (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
GGGCCAGGCCTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTAGAGAAAATGTCTGCGCCAA > NC_002947/2009987‑2010262 | gggCCAGGCCTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGt < 1:159860/149‑1 (MQ=255) cTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCACTAGTg < 4:167813/141‑1 (MQ=255) cTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCACTAGTg < 4:164385/141‑1 (MQ=255) cTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCACTAGTg > 3:167813/1‑141 (MQ=255) cTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCACTAGTg > 3:164385/1‑141 (MQ=255) gCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGa > 7:133512/1‑149 (MQ=255) acgccacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCg > 8:19679/1‑149 (MQ=255) acgccacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGATAGTGCTATACCGGCGATTAGATCg > 4:190132/1‑149 (MQ=255) cacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTg > 1:47685/1‑125 (MQ=255) cacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTg < 2:47685/125‑1 (MQ=255) cacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGc < 1:88072/149‑1 (MQ=255) cacgGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGc > 4:263932/1‑149 (MQ=255) ggCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGt < 3:263932/149‑1 (MQ=255) tttGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTGTTACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCt > 1:153569/1‑149 (MQ=255) tGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCtttt > 6:125494/1‑149 (MQ=255) aGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCttttt < 1:230460/148‑1 (MQ=255) aGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTg > 2:54663/1‑149 (MQ=255) ggAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGcc > 3:263096/1‑149 (MQ=255) aGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTg < 4:263096/149‑1 (MQ=255) tgcttgctCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCtt > 5:215557/1‑149 (MQ=255) 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5:251476/1‑132 (MQ=255) gCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCa < 6:225006/149‑1 (MQ=255) g‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCaaa < 7:19679/147‑1 (MQ=255) aCAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCct > 1:87742/1‑149 (MQ=255) accaTCGCTCTAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTg < 2:133557/122‑1 (MQ=255) accaTCGCTCTAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTg > 1:133557/4‑125 (MQ=255) tAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCttt < 2:88928/121‑1 (MQ=255) 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> 7:191972/1‑149 (MQ=255) gTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTagag > 7:102521/1‑148 (MQ=255) gCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTAGAGAAAATGTCTGCGCCaa > 7:98811/1‑149 (MQ=255) ttAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCATACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCttt < 7:110629/94‑1 (MQ=255) ttAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTATGAGCAATGCCAAACCCTCtta > 8:110629/1‑93 (MQ=255) gCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTAGAGAAAATGTCTgc < 4:144661/136‑1 (MQ=255) gCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTAGAGAAAATGTCTgc > 3:144661/1‑136 (MQ=255) | GGGCCAGGCCTTGGCATAACCACGCCACGGCGTCCTTGCGTTGCTTTGAGGGAGCTGCTTGCTCCGGGCTTG‑TACAGGTATCGCTAGAGCGATGGTAGAGAACCCGAGGCAGGTGCGTTACAGACCTGCCGTTTAGCTCCGTCGCTAGTGCTATACCGGCGATTAGATCGTGGCGGTTAATGGCAGACTGCTTTTTGCCTGCTTTGAGCAATGCCAAAGCCTCTTTGACAATGGCGGCAGAGAAAATTGCGCCAGTAGAGAAAATGTCTGCGCCAA > NC_002947/2009987‑2010262 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |