| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,141,208 | T→C | 8.1% | L315P (CTT→CCT) | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,141,208 | 0 | T | C | 8.1% | 135.6 / 2.8 | 49 | L315P (CTT→CCT) | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/26); new base C (2/2); total (21/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
CGCAGCGCTGGCCTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGC > NC_002947/2141062‑2141349 | cGCAGCGCTGGCCTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑AACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTg > 4:11710/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCCTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCtt < 1:27721/149‑1 (MQ=255) gcTGGCCTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCg < 1:252689/149‑1 (MQ=255) cTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCAc < 5:73365/149‑1 (MQ=255) cGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTa < 6:270469/148‑1 (MQ=255) tggctggctggcGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CAACTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAgcggc < 5:251510/149‑1 (MQ=255) ctggctggcGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑CTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGtt < 7:237157/149‑1 (MQ=255) gctggcGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTtg < 3:241249/147‑1 (MQ=255) ggTGGGGTGCCTGTGCAGCGGGACTGCCGGATGCTGGCCGTGGGGGTGCGCTGGCGGCTGCGCTGTCGC‑CCCCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTGGCACTGGGCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGGTGCTGCCTgg < 7:175696/149‑1 (MQ=255) ggTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTgg > 3:185093/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTc < 8:142064/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGtt > 3:77115/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACCTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTc > 8:81915/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACCTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTc > 8:78053/1‑149 (MQ=255) ctgcctgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTATGGCGTCTGCGCTTTCGCTCACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCgacgcc > 1:60164/1‑149 (MQ=255) cctgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACGTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACCTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTgg < 7:78053/149‑1 (MQ=255) cctgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACCTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTgg < 7:81915/149‑1 (MQ=255) tgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGt > 2:196265/1‑132 (MQ=255) tgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGt < 1:196265/132‑1 (MQ=255) tgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTc < 2:193454/133‑1 (MQ=255) tgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTc > 1:193454/1‑133 (MQ=255) tgATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGcc > 5:186803/1‑149 (MQ=255) tggtgTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTAc < 4:185093/149‑1 (MQ=255) ggtgTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTtg < 4:227295/100‑1 (MQ=255) ggtgTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTtg > 3:227295/1‑100 (MQ=255) ttGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGCTTTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCt > 5:89774/1‑149 (MQ=255) ctGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTg > 2:90412/1‑149 (MQ=255) tGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGc > 1:183294/1‑149 (MQ=255) gCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGCTTTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGc < 6:89774/148‑1 (MQ=255) gTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCgg < 4:77115/149‑1 (MQ=255) cTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGtt < 6:186803/149‑1 (MQ=255) cgcTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGc > 4:216237/1‑121 (MQ=255) cgcTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGc < 3:216237/121‑1 (MQ=255) cgcTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTgg < 2:183294/148‑1 (MQ=255) gC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTgg < 6:226420/108‑1 (MQ=255) gC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTgg > 5:226420/1‑108 (MQ=255) gC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTgg > 8:158890/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTg < 6:229873/84‑1 (MQ=255) tGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGtt > 1:81974/1‑132 (MQ=255) tGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGtt < 2:81974/132‑1 (MQ=255) gc‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGGTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCa < 1:157309/149‑1 (MQ=255) tttttCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTTGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGc < 2:60164/148‑1 (MQ=255) tttttCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCATGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGACCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGcc > 7:108653/1‑149 (MQ=255) gTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAgcgc > 4:101120/1‑148 (MQ=255) gTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATg < 4:37421/143‑1 (MQ=255) gTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATg > 3:37421/1‑143 (MQ=255) gCTTTACTTGTGTTCGAGCCTCTAGCGGCTTTGCTGCCTGGGGTGTTGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTAGTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGGGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGTTGATCGc < 8:108653/149‑1 (MQ=255) gTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCt < 6:250168/121‑1 (MQ=255) gTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCt > 5:250168/1‑121 (MQ=255) | CGCAGCGCTGGCCTACGGGTGGCTGGCTGGCGGTGGGGTGCCAGTGCAGCGGGCCTGCCTGATGCTGGCCGTGGTGTTGCTCTGGCGTCTGCGCTTTCGC‑CACCTTGGCGC‑TTTTTTTCCGTTGCTGGTTGCACTGGTCGCTGTACTTGTCTTCGAGCCACTAGCGGCGTTGCTGCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGC > NC_002947/2141062‑2141349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |