Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,160,524 | A→G | 9.5% | S88G (AGC→GGC) | pabC → | 4‑amino‑4‑deoxychorismate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,160,524 | 0 | A | G | 9.5% | 113.2 / 3.2 | 42 | S88G (AGC→GGC) | pabC | 4‑amino‑4‑deoxychorismate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/23); new base G (2/2); total (17/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
TTGCTGGACGGCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCTTGGGGAACAAC > NC_002947/2160377‑2160662 | ttGCTGGACGGCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAg > 5:226341/1‑149 (MQ=255) cTGGACGGCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGc > 7:35129/1‑147 (MQ=255) ggCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTgg < 2:87669/149‑1 (MQ=255) ggCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTgg > 8:179647/1‑149 (MQ=255) tCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTgg < 4:30916/142‑1 (MQ=255) tCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTgg > 3:30916/1‑142 (MQ=255) gCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATgcgc < 2:159061/148‑1 (MQ=255) cGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCGCATAGCCACGCTGGCTAT‑CGCCacg < 2:167796/149‑3 (MQ=255) tGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTc > 7:248769/1‑149 (MQ=255) gCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTc < 8:35129/147‑1 (MQ=255) gCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCg < 3:84328/148‑1 (MQ=255) gCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGa < 6:226341/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATg < 8:149591/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCa < 8:153112/147‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAgc > 6:141048/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGcgccgc > 6:57474/1‑149 (MQ=255) gcCTGGCGATCAAGGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTTCGCCTGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCGAGCGTGGGTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGt < 6:114218/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAgg < 3:105949/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGTGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTa < 1:31539/147‑1 (MQ=255) ggTGCGCGACGAGCTGCTGCTCTTGGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTCTCGTCAATCTGATGCTTCCCGGTGGAG‑ATATCCAGCGGGGCTTTGCGCCAGCTGTTGTTGCAGCGCCTCGGTGTATCCTGCAAGGCAGGCCATTatgcagt < 8:186220/148‑7 (MQ=255) cgcgACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGGCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATc < 5:26214/148‑1 (MQ=255) gacgaGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGt > 8:46475/1‑149 (MQ=255) cgaGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCg < 5:141048/149‑1 (MQ=255) gctgctGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGc < 5:57474/149‑1 (MQ=255) gctgcGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGcc < 1:233414/81‑1 (MQ=255) gctgcGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGcc > 2:233414/1‑81 (MQ=255) gctgcGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATg > 3:62710/1‑149 (MQ=255) ctgcGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATg < 6:210881/148‑1 (MQ=255) tgcGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCt > 3:221209/1‑149 (MQ=255) cgcTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGa < 6:171266/149‑1 (MQ=255) cTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATGGCCAGCGTGGCTATGCACCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTAccct > 4:2448/1‑124 (MQ=255) cTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATGGCCAGCGTGGCTATGCACCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTAccct < 3:6279/125‑2 (MQ=255) cTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATGGCCAGCGTGGCTATGCACCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTAccct < 3:2448/125‑2 (MQ=255) cTACGCCAGCCAGCTGGGTCAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATGGCCAGCGTGGCTATGCACCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTAccct > 4:6279/1‑124 (MQ=255) tcacccagctggCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCa > 4:214098/5‑149 (MQ=255) gggTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCtt < 3:214098/149‑1 (MQ=255) gtcAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATAc > 6:106551/1‑149 (MQ=255) aaCTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCgg < 1:154501/149‑1 (MQ=255) tCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCtt > 3:149982/1‑149 (MQ=255) aTCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCTTgg < 2:156999/149‑1 (MQ=255) aCCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCTTTGGGaa < 4:62710/147‑1 (MQ=255) cGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCTTGGGGaacaac > 3:186544/1‑148 (MQ=255) | TTGCTGGACGGCCACCTCGCACGCCTGGCACTGGGCTGCCAGCGCCTGGCGATCAACGCCGATCTGGCGCTGGTGCGCGACGAGCTGCTGCGCTACGCCAGCCAGCTGGGTGAGGGTGTCGTCAAACTCATCCTTACCCGTGGCG‑ATAGCCAGCGTGGCTATGCGCCAGCTGTCGATGCAGCGCCGCGGCGTATCCTGCAAGGCAGCCCATTACCCCGTTATCCTGTCGAGCATGCTGAGCATGGCGTGCGTTTGTTCCCTTGCCATACCCGGCTTGGGGAACAAC > NC_002947/2160377‑2160662 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |