Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,200,475 | C→T | 8.1% | Q17* (CAA→TAA) | folD‑I → | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,200,475 | 0 | C | T | 8.1% | 132.5 / 2.5 | 49 | Q17* (CAA→TAA) | folD‑I | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/21); new base T (2/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.73e-01 |
CAGGCAAAAAGCAATCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATGCGTT > NC_002947/2200331‑2200619 | cAGGCAAAAAGCAATCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTAATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAag < 3:173093/148‑1 (MQ=255) ggCAAAAAGCAATCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAgg > 3:38695/1‑149 (MQ=255) aaaaaGCAATCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAgg > 8:192276/1‑146 (MQ=255) aaTCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAggg < 1:167292/149‑1 (MQ=255) tCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGgtg < 7:192276/149‑1 (MQ=255) tccAAGTTCGCAGCGGCCCAGTACAAGCAGTACAACCTTCGCGCCTATCTGACAAGCGTTTAACAGCTACAAGATTAATGACGGATCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGACAAGAGGTAGAGGAGGGTGTtgct < 8:122328/148‑1 (MQ=255) gCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTtgct > 4:85526/1‑149 (MQ=255) aGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCTCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCt < 3:170299/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCt > 6:138388/1‑149 (MQ=255) gCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGAc > 3:50892/1‑149 (MQ=255) cgcCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTtgct < 5:238078/108‑1 (MQ=255) cgcCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTtgct > 6:238078/1‑108 (MQ=255) cgcCGACCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAAGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGgc < 4:133661/131‑1 (MQ=255) cgcCGACCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAAGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGgc > 3:133661/1‑131 (MQ=255) cTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCTAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACtg > 6:96002/1‑149 (MQ=255) cTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCTAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACtg > 6:100133/1‑149 (MQ=255) cTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACtg > 4:214309/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACtggtt > 2:220561/1‑149 (MQ=255) cAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACtggttgg > 7:169600/1‑149 (MQ=255) tACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCACTGACGGTTGGGCTGCTACCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGcagc > 5:159099/1‑147 (MQ=255) 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aCGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGt < 8:45443/149‑1 (MQ=255) cGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGtt < 3:85526/149‑1 (MQ=255) cAATTGATTGATGGTAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTGGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGaaaa < 8:110882/149‑1 (MQ=255) aaTTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGaaa < 8:169600/147‑1 (MQ=255) attgattgATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCATGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGca < 5:275121/124‑1 (MQ=255) attgattgATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGca > 6:275121/1‑124 (MQ=255) attgatGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAgt > 8:130845/1‑131 (MQ=255) attgatGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAgt < 7:130845/131‑1 (MQ=255) ttgatGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATc > 6:177272/1‑149 (MQ=255) gatGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATcc < 1:220561/148‑1 (MQ=255) tGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCACTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTc < 6:159099/149‑1 (MQ=255) gggAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGCTGGCTGCGTCGCAaccaaccagta > 3:81783/1‑122 (MQ=255) gggAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGCTGGCTGCGTCGCAaccaaccagta < 4:81783/125‑4 (MQ=255) cgcTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGaa < 3:214309/149‑1 (MQ=255) cTAGCTGCCCAGGTCTGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACt > 4:194702/1‑89 (MQ=255) cTAGCTGCCCAGGTCTGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACt < 3:194702/89‑1 (MQ=255) gCTGCCCAGGTACGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCgg < 7:86947/148‑1 (MQ=255) gCCCAGGTCCGCCAAAAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTggg > 3:58331/1‑149 (MQ=255) cccAGGTCCGCTAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTgggg < 5:100133/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCCGCTAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTgggg < 5:96002/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCGTGCGGTGGTACTGGTTGGTTGCGACGCCGCCAGCCAAGGGTACGGTGAACACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTggg > 8:196742/1‑148 (MQ=255) aGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATg > 3:118059/1‑149 (MQ=255) tCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATGCGt < 4:149685/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATGCGtt > 6:103721/1‑148 (MQ=255) ccAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATGCGtt > 8:188477/1‑146 (MQ=255) | CAGGCAAAAAGCAATCCGGGCCAAGGTCGCAGCGGCCCCGTACAAGCAGGACAACCGTCGCGCCGATCTGACCAGCGTTTAACAGGTACAAGATTCATGACGGCTCAATTGATTGATGGGAAAGCGCTAGCTGCCCAGGTCCGCCAAGAGGTAGAGGAGGGTGTTGCTGCCTTCATCGCTGACGGTTGGGCTGCTCCCGGCCTTGCGGTTGTACTGGTTGGTTGCGACGCAGCCAGCCAAGTGTACGTTGAAAACAAAATCCGTCAGACAGAAGCGGTGGGGATGCGTT > NC_002947/2200331‑2200619 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |