Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,273,538 | T→C | 7.1% | K277E (AAG→GAG) | PP_2004 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,273,538 | 0 | T | C | 7.1% | 164.1 / 2.4 | 57 | K277E (AAG→GAG) | PP_2004 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/29); new base C (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
GCTGGAAGGCCTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTT > NC_002947/2273394‑2273684 | gccggAAGGCCTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCGAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTgcgg < 5:194064/146‑1 (MQ=255) gAAGGCCTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCTGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGgcgc > 3:63188/1‑148 (MQ=255) aGGCCTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCaa < 2:4436/148‑1 (MQ=255) cTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTcc < 2:195623/149‑1 (MQ=255) ggCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCa < 5:259971/147‑1 (MQ=255) cGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGTGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTg < 7:53587/149‑1 (MQ=255) cGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTg < 4:20040/149‑1 (MQ=255) gAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGACTCGGACAGCTCCCGCAGGGTTTATTTGATCAGGTCGCGAAAGCGCCTGCATTCCTCCGCGAGCTGGCGGCGCAAGGTCCAGCTTgg > 8:229770/1‑149 (MQ=255) aGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTa < 5:215697/149‑1 (MQ=255) aaCAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTg > 5:206102/1‑149 (MQ=255) aTAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTc < 8:85883/124‑1 (MQ=255) aTAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTc > 7:85883/1‑124 (MQ=255) gCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAc > 7:128917/1‑149 (MQ=255) gCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAc > 3:110983/1‑149 (MQ=255) cTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGCATGTAGATCTCGGCCATGTCCCGACGAGTTACATATAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTCCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGTTCCAGCTTGGTAGATGCAAGTGCAGCCCCAc > 4:169937/1‑148 (MQ=255) tcGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGCTCGCGAAGGGTTTAGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑ttcttc > 2:119870/1‑149 (MQ=255) gCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCC‑TCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAg < 7:90274/149‑1 (MQ=255) gcCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCGTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACg < 4:63188/149‑1 (MQ=255) ggTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTc < 3:155358/129‑1 (MQ=255) ggTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTc > 4:155358/1‑129 (MQ=255) ggTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCg < 2:151288/149‑1 (MQ=255) tctcGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCggg > 2:215411/1‑149 (MQ=255) tcGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGcc > 2:118713/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTgg > 8:100513/1‑82 (MQ=255) ccAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTgg < 7:100513/82‑1 (MQ=255) gTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGGCTTCCTCCGCGAGCTTGCTGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCTC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggt < 3:169937/149‑1 (MQ=255) gTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggt > 3:160930/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggt < 6:206102/149‑1 (MQ=255) gcCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggtgggt > 2:145103/1‑148 (MQ=255) cGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGAt < 1:119870/149‑1 (MQ=255) gTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATgcg > 1:43303/1‑149 (MQ=255) tttCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATgcgc > 5:187685/1‑149 (MQ=255) tGATCAGGGCGCGAAATCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCATCTTTGTAGCTGCAAGTGCATCGGCACTATTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCAc < 1:215411/149‑1 (MQ=255) aGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCa < 8:128917/148‑1 (MQ=255) gCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGa < 1:118713/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGa > 5:158312/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGA‑GCGCATCACCCacct < 3:210155/149‑4 (MQ=255) gTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTgc < 6:158312/149‑1 (MQ=255) tCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCTAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCATCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTgcg < 7:229770/149‑1 (MQ=255) tCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTgcg < 4:160930/149‑1 (MQ=255) gcgAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCa > 5:127174/1‑149 (MQ=255) gAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCAcc > 8:230335/1‑149 (MQ=255) tggaccTTGCGCCGCAAGCTCGCGGAGGAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTgc > 4:58465/5‑149 (MQ=255) tggaccTTGCGCCGCAAGCTCGCGGAGGAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTgc > 2:213302/5‑149 (MQ=255) tGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTgcgc < 2:43303/149‑1 (MQ=255) ccTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTg < 4:110983/149‑1 (MQ=255) cttgcgccGCAAGCTCGCGGAGGAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTgc < 3:58465/143‑1 (MQ=255) cTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCa < 7:64300/86‑1 (MQ=255) cTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCa > 8:64300/1‑86 (MQ=255) cTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCggg > 1:155932/1‑98 (MQ=255) cTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCggg < 2:155932/98‑1 (MQ=255) cctccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTgcag > 7:222521/1‑148 (MQ=255) tccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGcagcag > 7:227634/1‑149 (MQ=255) ccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggtgg < 3:161533/104‑1 (MQ=255) ccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAggtgg > 4:161533/1‑104 (MQ=255) caaGCTCGCGGAGGAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGctct < 1:213302/147‑1 (MQ=255) cTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCtt < 7:230335/149‑1 (MQ=255) | GCTGGAAGGCCTCGGCCGAAGCAAACCCCAACAGATAGGCTATCTCGCCAAAGGCCAGCGCCGTGTCACGGATGTAGGTCTCGGCCAGGTCGCGCCGGGTTTCGTTGAGCAGGTCGCGAAAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCAC‑‑TTCTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTT > NC_002947/2273394‑2273684 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |