Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,467,957 | T→A | 9.0% | intergenic (+16/+16) | queF → / ← PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,467,957 | 0 | T | A | 9.0% | 142.0 / 3.8 | 52 | intergenic (+16/+16) | queF/PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base A (3/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
CTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGC > NC_002947/2467809‑2468093 | cTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACATGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCttt < 5:211021/149‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCgg > 4:157483/1‑149 (MQ=255) gaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGcc > 1:207243/1‑149 (MQ=255) tCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGccccc > 5:268424/1‑149 (MQ=255) ctgcAGGCGGAGCAGGTGAGTGTCTATGCGCGCTATGTGCGCGGCGGTGGGCTGGTCATCTTCCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCTGCCGGGATAACATACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCATAGCGGccccctgt < 4:162747/148‑4 (MQ=255) tgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAt > 2:12054/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAttt < 6:268424/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAt < 8:46444/147‑1 (MQ=255) cAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccctgt > 3:162747/1‑142 (MQ=255) ccGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAttt > 2:194992/1‑146 (MQ=255) cGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAttt > 5:228373/1‑145 (MQ=255) cGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGa < 7:154026/149‑1 (MQ=255) gCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccct > 8:228108/1‑134 (MQ=255) gCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccct < 7:228108/135‑2 (MQ=255) tGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCCCCGCGGTGGTCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGTGCAGATCAGCCCGGATAACAAACTGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTTCGTCACCCGCTATTTAAGATCCCCAGGc > 6:4499/1‑149 (MQ=255) ggTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtg‑tg < 5:159637/149‑1 (MQ=255) aTGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGc > 8:61245/1‑148 (MQ=255) gcgcTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCTGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGtt > 2:166872/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAAtgct > 1:208205/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTgcgc < 2:113895/149‑1 (MQ=255) cgcgGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTgcg > 1:113895/1‑148 (MQ=255) cgGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTgcg < 6:257194/146‑1 (MQ=255) cgGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTgcg > 5:257194/1‑146 (MQ=255) ggCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATcc > 2:227681/1‑110 (MQ=255) tGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAg > 7:47193/1‑149 (MQ=255) cATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGa < 8:47193/148‑1 (MQ=255) cAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTc > 4:1763/1‑149 (MQ=255) aCCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCgg < 3:157483/149‑1 (MQ=255) ccGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCgggg > 6:51052/1‑149 (MQ=255) cGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGCTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCgggg < 1:55968/149‑1 (MQ=255) gTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGggtg > 6:87464/1‑149 (MQ=255) gcagcaCCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCgg > 8:140013/1‑149 (MQ=255) gcagcaCCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGCGGGCCGCTTTGCGGCCACCGCTATTTCAGATCCACATGCTG‑TGCATCCAGTTGGCAATGCTGCGCAAGGTGGAAGTGAGCTCGGCGTGG‑TCgg > 4:126706/1‑149 (MQ=255) cGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGaa < 5:111830/149‑1 (MQ=255) tCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGa < 6:228373/149‑1 (MQ=255) aGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGAtt < 7:61245/149‑1 (MQ=255) cGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGc > 3:126814/1‑147 (MQ=255) aTAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGATCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAgg < 1:12054/149‑1 (MQ=255) aaCAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtg‑t < 1:160193/72‑1 (MQ=255) aaCAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtg‑t > 2:160193/1‑72 (MQ=255) cAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCAc < 3:1763/149‑1 (MQ=255) aaaCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGcc < 6:233475/140‑1 (MQ=255) aaaCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGcc > 5:233475/1‑140 (MQ=255) cGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCg < 2:208205/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCg < 5:51052/149‑1 (MQ=255) ggTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTccac > 4:140763/1‑149 (MQ=255) aGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgt < 7:140013/149‑1 (MQ=255) aGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgt > 4:176949/1‑149 (MQ=255) gTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt < 3:176949/149‑1 (MQ=255) cAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTg < 3:140763/148‑1 (MQ=255) aGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGc < 1:166872/149‑1 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt > 7:254090/1‑134 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt < 8:254090/134‑1 (MQ=255) | CTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTG‑TGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGG‑TCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGC > NC_002947/2467809‑2468093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |