Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,523,472 | A→C | 10.3% | D65A (GAT→GCT) | PP_2213 → | acyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,523,472 | 0 | A | C | 10.3% | 104.0 / 4.6 | 39 | D65A (GAT→GCT) | PP_2213 | acyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/15); new base C (2/2); total (22/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
GCCGAGGCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGACCATCCTCG > NC_002947/2523330‑2523618 | gCCGAGGCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGCTGTTac > 8:17724/1‑148 (MQ=255) ccGAGGCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTaa > 6:12924/1‑148 (MQ=255) ggCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTa > 5:23985/1‑143 (MQ=255) ggCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTa < 6:23985/143‑1 (MQ=255) ccGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGCTGTTACCATcgcg < 7:17724/149‑1 (MQ=255) cGCTCTTACGTTCGACCATTAACAGGCCGTTGTTACGGCATTGCACTGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGt < 7:104685/149‑1 (MQ=255) gTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCta > 8:192518/1‑148 (MQ=255) tACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGCTGTTACCAtcgc < 7:87972/141‑1 (MQ=255) tACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGCTGTTACCAtcgc > 8:87972/1‑141 (MQ=255) cGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTc > 6:160783/1‑148 (MQ=255) aGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCAGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAg > 3:157677/1‑149 (MQ=255) gtgACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGATGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAgg < 4:248304/148‑1 (MQ=255) aCGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGgctg < 2:132577/148‑1 (MQ=255) aCGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGcc < 4:191943/149‑1 (MQ=255) gCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAAt < 5:12924/149‑1 (MQ=255) tgtgACGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGAAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGAAGGGGGTAgg > 8:222292/1‑149 (MQ=255) tCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGAGCGTGCTATAGCTTCGATCAGATTCAGGTGCAGGCTGCTCTGTTAGCCAATGTGTTAAAGTCGCAGGGGGTAGGCGcc > 8:93142/1‑149 (MQ=255) gAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGgcg < 8:225619/132‑1 (MQ=255) gAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGgcg > 7:225619/1‑132 (MQ=255) gAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCgg < 7:192518/149‑1 (MQ=255) aaTGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTGGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCg > 7:101813/1‑147 (MQ=255) tgACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCggg > 7:83321/1‑149 (MQ=255) tgACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCg < 7:36615/147‑1 (MQ=255) cGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAAt < 4:222166/108‑1 (MQ=255) cGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAAt > 3:222166/1‑108 (MQ=255) cGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCggggtac > 8:198883/1‑145 (MQ=255) ggCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGcc < 5:160783/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCg > 2:79998/1‑131 (MQ=255) tGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCg < 1:79998/131‑1 (MQ=255) ccgtcaccGGCATGCCGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCtt < 7:127938/141‑1 (MQ=255) cTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCGGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTAcccc < 4:157677/149‑1 (MQ=255) tCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGga > 2:158451/1‑106 (MQ=255) tCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGga < 1:158451/106‑1 (MQ=255) aTGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGt > 7:247213/1‑148 (MQ=255) aTGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGt > 7:165819/1‑148 (MQ=255) tGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGa > 7:94871/1‑149 (MQ=255) cgcgATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGCTCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGACCATCCt > 1:165769/1‑149 (MQ=255) cgcgATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGACCATCCt > 3:207389/1‑149 (MQ=255) cgATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGACCATCCTCg > 5:179517/1‑149 (MQ=255) | GCCGAGGCCGCTCGTACGTTCGACCATGACCAGGCCGTTGTGACGGCATTGCACGGCAACCTTGAAGCCCTTAATGCCTGTGTCGAATGCTGTGACCGGCATGCCGGTGACGGCAAGCTGGCACTGATTCATGAGGACCGCGATGGTAACAGCGCGTGCTATAGCTTCGATCAGCTTCAGGTGCAGGCTGCTCGGTTCGCCAATGTGTTAAAGGCGCAGGGGGTAGGCGCCGGAGACCGGGTTGCCGGCTTGATGCCGCGTACCCCTGAACTGCTGGTGACCATCCTCG > NC_002947/2523330‑2523618 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |