Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,535,933 | T→C | 12.5% | D64G (GAC→GGC) | mrpC ← | K(+)/H(+) antiporter subunit C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,535,933 | 0 | T | C | 12.5% | 76.2 / 3.6 | 32 | D64G (GAC→GGC) | mrpC | K(+)/H(+) antiporter subunit C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/16); new base C (2/2); total (14/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
GTCACGCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCGGA > NC_002947/2535785‑2536081 | gTCACGCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGt > 7:106414/1‑149 (MQ=255) tCACGCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTc > 1:263172/1‑149 (MQ=255) aCGCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCt < 2:66405/149‑1 (MQ=255) gCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTgg > 5:208325/1‑149 (MQ=255) ggCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACg < 3:111652/149‑1 (MQ=255) ccACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATcc > 7:144378/1‑149 (MQ=255) ccACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGCCCTGGGTAACGCCATcc > 5:43848/1‑149 (MQ=255) ccACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGCCCTGGGTAACGCCATcc > 3:98608/1‑149 (MQ=255) cACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATcc < 2:264855/148‑1 (MQ=255) gTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCTGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTgg < 5:224384/149‑1 (MQ=255) tCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTg < 2:143163/149‑1 (MQ=255) cgAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACa < 8:144378/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGc < 2:87893/149‑1 (MQ=255) gcaCCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATg > 7:76028/1‑149 (MQ=255) caccaGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTg > 8:247059/1‑148 (MQ=255) caccaGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTg > 2:201234/1‑148 (MQ=255) caccaGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGa < 6:208325/149‑1 (MQ=255) ccaGGAACAGCGCGGTCATGGCGTAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGGTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAg < 5:92039/149‑1 (MQ=255) aCAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGCCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAAc < 6:43848/149‑1 (MQ=255) aCAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGCCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAAc < 4:98608/149‑1 (MQ=255) gcgGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGtt < 8:76028/149‑1 (MQ=255) tgatgaCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAg > 3:12125/1‑148 (MQ=255) gTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCAt > 1:146438/1‑149 (MQ=255) tGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATg < 2:245557/149‑1 (MQ=255) gCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGAt < 7:247059/148‑1 (MQ=255) aGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTg < 2:146438/149‑1 (MQ=255) tgGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTggtaggta < 3:113811/148‑1 (MQ=255) aGCGGGTCGGTGTAAAGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCgg > 7:230901/1‑149 (MQ=255) gCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCggg > 8:24880/1‑149 (MQ=255) gCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATCCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAGAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCggg > 8:77328/1‑149 (MQ=255) tGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCca < 2:263172/149‑1 (MQ=255) ggTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGgc < 2:62723/129‑1 (MQ=255) ggTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGgc > 1:62723/1‑129 (MQ=255) tCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCGGa < 4:12125/149‑1 (MQ=255) | GTCACGCTCCCGGCCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCGGA > NC_002947/2535785‑2536081 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |