Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,747,196 | C→T | 10.2% | Q191Q (CAG→CAA) | PP_2402 ← | sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,747,196 | 0 | C | T | 10.2% | 102.4 / 2.8 | 39 | Q191Q (CAG→CAA) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/14); new base T (2/2); total (23/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 |
GATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTG > NC_002947/2747049‑2747344 | gATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCt > 6:271522/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGACACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGTCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTc > 8:58012/1‑147 (MQ=255) aGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAg < 5:2151/149‑1 (MQ=255) ccgccAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTgg > 7:187226/1‑149 (MQ=255) ccgccAGCAACTGCATGCGGTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTgg < 7:101610/149‑1 (MQ=255) cgccAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTggg < 3:72010/149‑1 (MQ=255) cgccAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTggg > 7:210578/1‑149 (MQ=255) gccAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGc < 6:172679/149‑1 (MQ=255) gccAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGc < 5:271522/149‑1 (MQ=255) cATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGt < 8:210578/147‑1 (MQ=255) aTGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAg > 7:231117/1‑149 (MQ=255) cTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGa > 3:8038/1‑149 (MQ=255) cTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGa > 7:64283/1‑149 (MQ=255) caATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTAcc < 5:60382/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCgcca > 4:128599/1‑143 (MQ=255) cTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCgcca < 3:128599/143‑1 (MQ=255) cAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTa > 6:58473/1‑148 (MQ=255) ggCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTAcaca < 7:44216/149‑1 (MQ=255) cGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACacagc < 4:8038/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGTTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCa < 5:234098/122‑1 (MQ=255) gTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGTTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCa < 1:260704/122‑1 (MQ=255) gTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGTTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCa > 2:260704/1‑122 (MQ=255) gTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGTTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCa > 6:234098/1‑122 (MQ=255) cACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACacag < 6:71878/138‑1 (MQ=255) cACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACacag > 5:71878/1‑138 (MQ=255) aCGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAacagcacagc > 7:68877/1‑149 (MQ=255) cGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTg > 8:141132/1‑148 (MQ=255) gTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGAACACAGCAACAGCAcatccaccaga > 8:226943/1‑143 (MQ=255) gTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCAAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCTAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACTGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGa < 7:58012/148‑1 (MQ=255) aCGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATca < 5:58473/149‑1 (MQ=255) cTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCATGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAgcagca > 4:97568/1‑149 (MQ=255) tCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGcac > 2:254547/1‑149 (MQ=255) tttCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGcaaccaa > 5:110445/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGCCGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCCCCACGGGCAACCAACggg > 3:137294/1‑149 (MQ=255) tCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGc > 3:114957/1‑149 (MQ=255) ccAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCCGCACCACGGGcacccaccagggc > 7:39257/1‑142 (MQ=255) aGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTAc > 6:213859/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGc > 3:140887/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCt < 4:140887/149‑1 (MQ=255) cTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTg < 3:97568/149‑1 (MQ=255) | GATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGGTGGGCAGCAATGCGCGCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTG > NC_002947/2747049‑2747344 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |