| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,764,466 | T→C | 11.6% | D179G (GAC→GGC) | PP_2418 ← | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,764,466 | 0 | T | C | 11.6% | 109.0 / 6.3 | 43 | D179G (GAC→GGC) | PP_2418 | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/21); new base C (2/3); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
CCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTGCGCCGCGACCAGCTGCGGGCGCT > NC_002947/2764319‑2764613 | ccGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCGATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTc < 8:207424/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCa < 8:7611/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGACGGCACCCGCCTGCaa < 3:136928/149‑2 (MQ=255) gtgCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGAcc < 5:132115/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTg < 8:65697/147‑1 (MQ=255) gcgcCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGTGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCg < 4:91290/148‑1 (MQ=255) ccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCa < 3:25468/120‑1 (MQ=255) ccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCa > 4:25468/1‑120 (MQ=255) ccTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTc > 3:191529/1‑149 (MQ=255) ttGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCg > 3:20819/1‑149 (MQ=255) gCAATTCGGGGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑gg > 5:86841/1‑125 (MQ=255) gCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑gg < 6:86841/125‑1 (MQ=255) cAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGAt < 5:253615/148‑1 (MQ=255) aaTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATgg < 2:224933/149‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCAc < 4:20819/149‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGACGGCACCCGCCTGCaa < 2:62426/109‑2 (MQ=255) gCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGACGGCACCCGCCTGCaa > 1:62426/1‑108 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGACGGCACCCGCCTGCaa > 5:194599/1‑105 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGACGGCACCCGCCTGCaa < 6:194599/106‑2 (MQ=255) gccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTc > 6:214543/1‑90 (MQ=255) gccgcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTc < 5:214543/90‑1 (MQ=255) gcgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGAAAGTTCGCTGACGATCTTGTAGATGCTTTCTACCTTGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTAGAAGTCAGATGGCAGGACGTAGGTGGGGATCtt > 4:54341/1‑147 (MQ=255) cgGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAg < 6:19542/149‑1 (MQ=255) cTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGt > 7:252043/1‑128 (MQ=255) cTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGt < 8:252043/128‑1 (MQ=255) cTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCAt < 3:216953/149‑1 (MQ=255) gAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATc > 4:228942/1‑148 (MQ=255) aCGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTGTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGTGGATCTTCAGCTCATCGaa < 4:191529/149‑1 (MQ=255) gAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACTTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGc < 3:39708/148‑1 (MQ=255) aGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCt < 1:107536/90‑1 (MQ=255) aGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCt > 2:107536/1‑90 (MQ=255) aCGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTg < 8:108165/149‑1 (MQ=255) ttGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCAcc > 7:10592/1‑149 (MQ=255) gTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCAcc > 1:70546/1‑148 (MQ=255) tGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGAccatccat < 3:228942/149‑1 (MQ=255) tCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGAc > 2:94376/1‑140 (MQ=255) tCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGAc < 1:94376/140‑1 (MQ=255) aCCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGaa > 1:31238/1‑149 (MQ=255) ccTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACAA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAAc > 8:22084/1‑149 (MQ=255) tGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTg > 5:209750/1‑149 (MQ=255) tGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTg > 4:109932/1‑149 (MQ=255) gTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTGCGCCGCGACCAGCTGCgg < 2:70546/149‑1 (MQ=255) gTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTGCGCCGCGACCAGCTGCGGGCGCt > 3:87915/1‑149 (MQ=255) | CCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCA‑GGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGGGGATCTTCAGCTCATCGAACTGCTCGCGGGTGGCGACCACGCCCTGGGCACCGACCATCCATTCGAACTGCGCCGCGACCAGCTGCGGGCGCT > NC_002947/2764319‑2764613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |