Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,989,864 | C→T | 8.0% | G539D (GGC→GAC) | vgrG‑I ← | type VI secretion system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,989,864 | 0 | C | T | 8.0% | 144.2 / 2.7 | 50 | G539D (GGC→GAC) | vgrG‑I | type VI secretion system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/24); new base T (2/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGATCCTGATCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTGGCTC > NC_002947/2989719‑2989995 | ggCGATCCTGATCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGcc < 6:265408/147‑1 (MQ=255) cTGTTCGGGTGGTTTCTACCGATGTCGAGGGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGTTCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCg < 8:109417/148‑1 (MQ=255) aTCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTa < 8:160205/147‑1 (MQ=255) aTCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTa < 2:166944/147‑1 (MQ=255) aTCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGt < 4:38490/149‑1 (MQ=255) tgGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGAACTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCtcat > 4:176508/1‑148 (MQ=255) gTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTcatcat > 2:174515/1‑149 (MQ=255) cGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGc > 4:221614/1‑143 (MQ=255) cGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGc < 3:221614/143‑1 (MQ=255) cGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTAATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTCCGGTCATTGCCGCCCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGAc > 4:232497/1‑148 (MQ=255) cGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTAATTGCCAAACGTTTCCGTAAGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGAc > 5:188293/1‑148 (MQ=255) gATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACca > 7:253884/1‑149 (MQ=255) aGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGtt > 7:242875/1‑149 (MQ=255) gcgGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTg < 8:242875/149‑1 (MQ=255) gtcATCCTGCCCAATGTTGATGCGATCGTCATAGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGt < 6:188293/147‑1 (MQ=255) ggCATCCTGCCCAATGGTGATGAGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGt > 7:199508/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTccc < 3:212540/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCct > 6:8885/1‑149 (MQ=255) cTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCctct < 1:16118/149‑1 (MQ=255) cTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCctct > 2:128472/1‑149 (MQ=255) ccAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGc < 3:176508/149‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCatga < 8:91379/149‑1 (MQ=255) tGATTCGGTAGTTATTGTCATCGGTTTACTTACGGTCGTGTACGATTAGGATCGATTCTTCGTTATCGACCTGCTCTTTTCGGTGATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATAATTCTTGAACACATTTTTGTGGTCCCTATTGGCatgaat < 8:199508/148‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCatgaatga < 4:80685/148‑1 (MQ=255) gcgcTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAac > 4:1869/1‑148 (MQ=255) gTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTtc < 1:174515/147‑1 (MQ=255) tCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGTCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTtcctc > 8:158989/1‑149 (MQ=255) tCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGAGGTCATTGTCGACCTGCGTAGTCTCATAATGCTTCACCACATTGATCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACCCTtcat > 8:163062/1‑146 (MQ=255) aaCCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCa < 6:77449/149‑1 (MQ=255) tttCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCg > 8:161837/1‑149 (MQ=255) tCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGt < 1:128472/148‑1 (MQ=255) gggcGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGTCGCCGTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTTGCCCAGTTCGTCCTCGAAg < 7:163062/146‑1 (MQ=38) ggTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGTCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAg < 7:158989/149‑1 (MQ=255) tGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCatgaat < 4:135781/110‑1 (MQ=255) tGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCatgaat > 3:135781/1‑110 (MQ=255) ggCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGc > 3:102198/1‑149 (MQ=255) cGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCg > 5:276967/1‑149 (MQ=255) gATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGt < 7:161837/149‑1 (MQ=255) gATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGt > 5:60740/1‑149 (MQ=255) cAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTACTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTg > 3:187836/1‑148 (MQ=255) ggATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAg < 4:102198/149‑1 (MQ=255) gATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGc > 4:217962/1‑149 (MQ=255) gtTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTtgt < 5:8885/149‑1 (MQ=255) gtTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTtgt < 6:276967/149‑1 (MQ=255) aTCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGTAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTgg < 6:60740/148‑1 (MQ=255) ccTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTAGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTgg > 3:180466/1‑149 (MQ=255) gCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTGGctc > 2:116693/1‑149 (MQ=255) ctTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGtt < 1:239703/52‑1 (MQ=255) ctTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGtt > 2:239703/1‑52 (MQ=255) aTTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTgg < 7:246471/133‑1 (MQ=255) aTTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTgg > 8:246471/1‑133 (MQ=255) | GGCGATCCTGATCGTGTGGTTTCTACCGATGTCGAGCGCGGCATCCTGCCCAATGGTGATGCGCTCGTCATTGCCAACCGTTTCCGTACGGTCGTGGCCGATCAGGATCGATTCGTCGTTATCGACCTGCTCTTTGCGGTCATTGCCGACCTGCGTAGTCTCATCATGCTTGACCACATTGTTCTGGTCCCTCTGGGCATGAATGAACACTTCCTCCTGGCCCAGTTCGTCCTCGAAGCGCAGCTCGTTGAAGCCATCGCCCTTGTGGGTCTGGCTC > NC_002947/2989719‑2989995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |