Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,011,119 | T→A | 6.8% | R60R (CGT→CGA) ‡ | bcsG → | endoglucanase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,011,119 | 0 | T | A | 6.8% | 175.4 / 2.9 | 59 | R60R (CGT→CGA) ‡ | bcsG | endoglucanase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/27); new base A (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
GCCCGCTGGCCTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCTGCTCGAGCTGCTGGGCCGCTTCATC > NC_002947/3010973‑3011266 | gCCCGCTGGCCTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTa < 2:8065/148‑1 (MQ=255) gCCCGCTGGCCTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTAt > 4:74125/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTGGCCTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTAt > 1:251394/1‑149 (MQ=255) cTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCaa < 3:74125/149‑1 (MQ=255) ggACTGGGAGGGTGGAACCTCTCTTTTTTTGCAAAGGTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCCGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAAct < 8:253998/149‑1 (MQ=255) ggAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGc > 6:198772/1‑149 (MQ=255) ggAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGc > 2:187823/1‑149 (MQ=255) gAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTAGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCg > 8:57541/1‑149 (MQ=255) gggTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGt > 7:232817/1‑149 (MQ=255) gggTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGt < 7:73333/149‑1 (MQ=255) gTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGc > 8:242179/1‑149 (MQ=255) tGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGcc < 4:47352/149‑1 (MQ=255) ggAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTTTTCGATGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGTGCAAGG‑TGCTGCGTATTGACCGGCAACTGATGGAGGTGca > 8:111932/1‑147 (MQ=255) ccTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCg < 2:251394/149‑1 (MQ=255) ctATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCaa < 7:196410/127‑1 (MQ=255) ctATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCaa > 8:196410/1‑127 (MQ=255) tATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTAt > 5:102283/1‑149 (MQ=255) tttttttGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGTCGGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTa < 1:187823/147‑1 (MQ=255) cAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCtttt < 5:198772/148‑1 (MQ=255) cAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCtttt < 6:16934/148‑1 (MQ=255) tttCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAATA‑CGCAGCCACTTGCCCGGCaaagg > 3:260500/1‑111 (MQ=37) tttCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAATA‑CGCAGCCACTTGCCCGGCaaagg < 4:260500/114‑4 (MQ=37) tCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAg < 5:273623/148‑1 (MQ=255) tgGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACAcc > 5:141120/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTg > 4:120452/1‑149 (MQ=255) gcTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACctgcctgc > 8:7067/1‑149 (MQ=255) gCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCAccc < 8:232817/149‑1 (MQ=255) cTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAg < 7:57541/149‑1 (MQ=255) tCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCg < 8:169620/105‑1 (MQ=255) tCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCg > 7:169620/1‑105 (MQ=255) ttCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAATA‑CGCAGCCACTTGCCCGGCaaa < 2:123346/82‑2 (MQ=21) ttCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAATA‑CGCAGCCACTTGCCCGGCaaa > 1:123346/1‑81 (MQ=21) ttCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCAc > 1:33834/1‑136 (MQ=255) ttCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCAc < 2:33834/136‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCct > 5:29369/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCct < 5:114535/147‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGc > 1:33749/1‑130 (MQ=255) cAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGc < 2:33749/130‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCctgc < 7:7067/148‑1 (MQ=255) gAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCgg > 1:171388/1‑149 (MQ=255) gAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCgg > 7:130100/1‑149 (MQ=255) ccTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCggggg > 4:30786/1‑149 (MQ=255) cTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCt > 7:104119/1‑113 (MQ=255) cTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCt < 8:104119/113‑1 (MQ=255) cGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGAc < 3:120452/148‑1 (MQ=255) cGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGAc < 6:102283/148‑1 (MQ=255) cGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACt > 1:138662/1‑149 (MQ=255) tGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCt < 4:179203/102‑1 (MQ=255) tGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTtct > 6:214025/1‑149 (MQ=255) gCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCTTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGGGCCAATCGTTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTtctc < 7:111932/149‑1 (MQ=255) gTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTTTCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGt > 6:149495/1‑149 (MQ=255) gCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAAACGGTATCGCGCTTTTCTACCAGCACACCTCGCTCCCACCCTACAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGCTGCTGGACTTCTCGTGGGAc > 6:85182/1‑148 (MQ=255) gTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTAt < 6:141120/147‑1 (MQ=255) gTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTAt < 5:214025/147‑1 (MQ=255) gTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCt > 5:12466/1‑149 (MQ=255) cTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACt > 1:108200/1‑141 (MQ=255) ggCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCTGCTCGAgctgct < 8:130100/149‑1 (MQ=255) t‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCTGCTCGAGCTGCTGGGCCg > 2:51277/1‑149 (MQ=255) gTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCTGCTCGAGCTGCTGGGCCGCTtcatc < 3:218379/149‑1 (MQ=255) | GCCCGCTGGCCTGGACTGGGAGGGTGGAACCTCTATTTTTTTGCAAAGTTTCTGCTGGTCGCGCTGGGCATGCTCGACTTCCAGGCGCTGCCGAACCTGTTGTTCGCTGCGTTTCTGCTTGTCCCTTTGCCGGGCAAGT‑GGCTGCGTATTGCCCGGCAACTGCTGGCGGTGCCAATCGGTATCGCGCTTTTCTACCAGGACACCTGGCTGCCACCCTTCAGCCGCCTGCTGGCGCAGCCGGGGGTGCTGGACTTCTCGTGGGACTATCTGCTCGAGCTGCTGGGCCGCTTCATC > NC_002947/3010973‑3011266 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |