Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,024,310 | T→A | 12.5% | intergenic (+125/+29) | dapA‑II → / ← PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,024,310 | 0 | T | A | 12.5% | 97.4 / 6.5 | 40 | intergenic (+125/+29) | dapA‑II/PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/20); new base A (3/2); total (18/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 |
CTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAG‑CCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACAGAAG > NC_002947/3024165‑3024451 | cTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGTGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCg < 5:110338/149‑1 (MQ=255) tgtTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGcc < 4:119572/149‑1 (MQ=255) ttCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCt < 5:8944/149‑1 (MQ=255) aCTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGACAGGGCCGCAAAGCGGCCCTgg < 1:9549/148‑2 (MQ=255) cTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcg < 3:252081/149‑1 (MQ=255) ggCGCGTGAAGCGGCATGGGTTGATGGCTGGTTGACAAGGCGCCACACCCTTTGTTGGTTCGTGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACTCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcgc < 3:231577/147‑1 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCAAAGCGGCCCt < 4:175064/139‑1 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCAAAGCGGCCCt > 3:175064/1‑139 (MQ=255) tGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGATCCTACgctggct > 5:247898/1‑149 (MQ=255) 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3:239361/1‑149 (MQ=255) aaGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgc > 6:255002/1‑149 (MQ=255) ccACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCtttt < 4:97406/149‑1 (MQ=255) cactgccTTTGTTGGTTCGGGGGCTGCGTATGCCTCGCGAGGGGATTTATGCCAGCAAGTCGCTGAGACAGAGTATTGCGAGTGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAGCCCAGGTTGATCCTACGCTTGCTGGGTCGGCAGGCGCtttt < 6:247898/143‑1 (MQ=255) acacCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTcc < 5:255002/149‑1 (MQ=255) ttggttggTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGc > 8:1433/1‑149 (MQ=255) 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< 7:84655/120‑1 (MQ=255) ccAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAG‑CCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAgg > 8:84655/1‑120 (MQ=255) ccAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAG‑CCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTAc < 8:182869/149‑1 (MQ=255) gCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAG‑CCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACagaag > 8:218924/1‑149 (MQ=255) | CTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAG‑CCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACAGAAG > NC_002947/3024165‑3024451 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |