Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,057,289 | A→C | 7.5% | L20R (CTG→CGG) ‡ | PP_2669 ← | outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,057,289 | 0 | A | C | 7.5% | 153.7 / 2.9 | 51 | L20R (CTG→CGG) ‡ | PP_2669 | outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/23); new base C (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 |
TGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCATTTCGTT > NC_002947/3057144‑3057434 | tgACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAggg > 5:69431/1‑149 (MQ=255) gACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAg > 5:86868/1‑146 (MQ=255) gACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAg < 6:86868/146‑1 (MQ=255) gACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGgc > 2:185691/1‑149 (MQ=255) caAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGgcgc < 3:238584/143‑1 (MQ=255) caAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGgcgc > 4:238584/1‑143 (MQ=255) caAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGAca < 7:127325/149‑1 (MQ=255) gCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGTCGGGCGCCCTGGCGCTGGCcagca < 6:28377/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGt < 1:185691/149‑1 (MQ=255) gCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTaacg > 4:181176/1‑145 (MQ=255) cACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAg‑gg > 5:151932/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGcc > 3:207114/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGGTTTCGGTCACTTCCAGGGTATGCAGGTCGATAAGACTGAGGCTGATGTCCTTATCGATGGAGACGCAGGCGGTCGAAGCGATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCACGATGTGCTCAAGCAG‑GGccc > 8:201413/1‑149 (MQ=255) ggCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCg < 4:133041/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAg < 2:103720/112‑1 (MQ=255) gCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAg > 1:103720/1‑112 (MQ=255) aGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTg < 2:38040/149‑1 (MQ=255) cGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGgc > 6:232013/1‑106 (MQ=255) cGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGgc < 5:232013/106‑1 (MQ=255) ggTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAggg > 4:231821/1‑149 (MQ=255) ggTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAgg < 4:207114/148‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGggcg > 6:232795/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGggcggc > 4:20604/1‑149 (MQ=255) cccgCGTTTGCAGGGCGATCAGGCGGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGGGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGggcggc < 4:255548/144‑1 (MQ=255) cAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAag > 6:235945/1‑136 (MQ=255) cAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAag < 5:235945/136‑1 (MQ=255) cAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGAtt > 7:213935/1‑149 (MQ=255) ggTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTcc < 5:232795/149‑1 (MQ=255) gTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAgg > 7:220410/1‑82 (MQ=255) gTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCt < 2:184409/149‑1 (MQ=255) gATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTa < 6:151932/148‑1 (MQ=255) gATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTa < 3:181176/148‑1 (MQ=255) tCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTa < 8:180240/146‑1 (MQ=255) tCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTa > 7:180240/1‑146 (MQ=255) tCAGGCTGAGGCCGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTAttg < 3:172212/149‑1 (MQ=255) ctcGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAgggg < 3:231821/148‑1 (MQ=255) gTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGAGTCCTTATTGTTGGGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGc > 6:231028/1‑149 (MQ=255) 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ccccagcctgctgTCGGGCGCCCTGGCGCTGGCCAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑ATAGTTCCTATGAGGTGTGGGTGTGGGGTGAGGGGTAGCGACACGTCACATCGGGCGTGTGATAGc > 1:222141/8‑149 (MQ=12) cagcctgctgTCGGGCGCCCTGGCGCTGGCCAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑c < 2:23820/77‑1 (MQ=17) cagcctgctgTCGGGCGCCCTGGCGCTGGCCAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑c > 1:23820/5‑81 (MQ=17) aCTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGCCGCTTGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAgg < 1:87232/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCAtt < 5:139688/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCAtt > 2:75592/1‑148 (MQ=255) aGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCATTTc > 2:3550/1‑149 (MQ=255) gcCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCATTTCGtt > 7:57587/1‑149 (MQ=255) gcCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCATTTCGtt < 3:20604/149‑1 (MQ=255) | TGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAGCGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAG‑GGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGG‑CGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGGCTGTCCATTTCGTT > NC_002947/3057144‑3057434 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |