Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,193,312 | G→A | 8.3% | A50V (GCG→GTG) | prr ← | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,193,312 | 0 | G | A | 8.3% | 135.8 / 2.4 | 48 | A50V (GCG→GTG) | prr | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/23); new base A (2/2); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
GGCCGTGAACGGCTTGCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGATCAGCAGTTTT > NC_002947/3193176‑3193452 | ggCCGTGAACGGCTTGCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCttt < 6:85072/149‑1 (MQ=255) ccGTGAACGGCTTGCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTg > 6:237938/1‑148 (MQ=255) cGTGAACGGCTTGCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCa < 6:57820/149‑1 (MQ=255) gCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACAACGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGa > 4:237133/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCg > 5:75174/1‑120 (MQ=255) cGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCg < 6:75174/120‑1 (MQ=255) cGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGAcc > 3:148238/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGAcc > 1:34687/1‑149 (MQ=255) gCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCttt > 5:248023/1‑131 (MQ=255) gCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCttt < 6:248023/131‑1 (MQ=255) aGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCtgt < 1:58580/149‑1 (MQ=255) aGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCtgt < 4:148238/149‑1 (MQ=255) tCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCAt > 3:170068/1‑148 (MQ=255) tCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCAt < 5:247829/148‑1 (MQ=255) cGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGa < 1:226202/148‑1 (MQ=255) cGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGAc > 7:163115/1‑149 (MQ=255) cGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGAc > 5:228449/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTg > 4:161897/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTg < 4:170068/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGc > 5:86405/1‑149 (MQ=255) ggcgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCACATCCGCGCTTTGCACTGCg < 7:217792/122‑1 (MQ=255) ggcgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCACATCCGCGCTTTGCACTGCg > 8:221489/1‑122 (MQ=255) ggcgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCACATCCGCGCTTTGCACTGCg > 8:217792/1‑122 (MQ=255) ggcgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCACATCCGCGCTTTGCACTGCg < 7:221489/122‑1 (MQ=255) gcgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGt < 4:197934/149‑1 (MQ=255) cgggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGAATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTg < 1:119510/149‑1 (MQ=255) gggcgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTgg < 5:237938/149‑1 (MQ=255) cgAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTc < 1:65702/149‑1 (MQ=255) acCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGGCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGTGTCTGTAc < 6:207118/149‑1 (MQ=255) cgcgGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTAc > 7:92050/1‑147 (MQ=255) gCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGAc < 3:237133/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCAGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGCCCTGTGCATGACTGGCCTACTGGGTCTGTACCAGGAcgccgc > 7:185783/1‑149 (MQ=255) gATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGGCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCagg < 3:142700/148‑1 (MQ=255) tCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGtt < 1:172288/149‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCa > 6:96043/1‑149 (MQ=255) gcagcaGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGtt < 6:194437/136‑1 (MQ=255) gcagcaGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGtt > 5:194437/1‑136 (MQ=255) gcagcaGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACg > 5:136770/1‑149 (MQ=255) cagcagTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGt > 3:4673/1‑149 (MQ=255) gcagTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCGCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTgg < 7:70281/149‑1 (MQ=255) tGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGc > 8:101169/1‑149 (MQ=255) ccGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCt > 6:123677/1‑149 (MQ=255) gCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTc < 2:34687/149‑1 (MQ=255) gCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTc < 8:45022/112‑1 (MQ=255) gCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTc > 7:45022/1‑112 (MQ=255) gCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCAtt > 7:181526/1‑148 (MQ=255) gACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGAt < 6:86405/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGATc < 8:163115/149‑1 (MQ=255) ttCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGATCAGCAGtt > 1:104248/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGATCAGCAGtttt < 3:161897/148‑1 (MQ=255) | GGCCGTGAACGGCTTGCCGCAGTTGTCCGCCTCCAGGCGGGCGAACACCGCGGCCTGGGCGTCGATGCGGTCGGCGAGGGTGAGCAGCAGTGCCGCACGGTCCTTGGGCGGTGTTTGCGACCAGGCTTCGAAGGCCGCATCCGCGCTTTGCACTGCGGCATGGACCTGTGCATGACTGGCCTCGTGGGTCTGTACCAGGACGCGGCCCAGGGAGGGGTTGTAGACGTCCACGTGGTCGCCTTCGCCGGCTACGAGGGCACCATTGATCAGCAGTTTT > NC_002947/3193176‑3193452 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |